В 1682 г. на Москве случился приснопамятный стрелецкий бунт. Власть перешла к царевне Софье, не особо жаловавшей Нарышкиных в силу сложных семейных взаимоотношений. Боярин Нарышкин-старший был насильно пострижен в монахи, а село Петровское перешло к его сыну, малолетнему тогда Льву Кирилловичу, состоявшему под опекунством его матери Анны Леонтьевны Нарышкиной. Опасаясь за дальнейшую судьбу внуков и за свою собственную, боярыня Нарышкина дала обет построить в селе каменный храм во имя апостолов Петра и Павла, небесных покровителей малолетнего государя. Второй причиной строительства называлась и память о разыгравшейся в Кремле трагедии, к которой оказались причастны Нарышкины. В следующем после бунта 1683 г. Анна Леонтьевна отвела от щедрот своих под строительство храма просторный участок земли, выделив при этом и некоторые средства на литье трех колоколов «на вечное поминовение по муже своем боярине Кирилле Полуехтовиче Нарышкине и по детех своих и по всех родителех своих». Так, во всяком случае, гласила надпись на одном из колоколов. Благоустроенный каменный вотчинный храм, златоглавый и с белыми резными наличниками и витыми колонками, при большом скоплении народа освятили в 1691 г. «Замечательное благолепие» Петропавловского храма отмечалось тогда многими москвичами-современниками. Храм являл собой не только прекрасный образец стиля «московского барокко», но стал самой замечательной постройкой села Петровского, оставаясь таковой на протяжении последующих веков.
В целом этот уголок Москвы был мил и приятен не только Нарышкиным, но оказался по нраву и государю. Будучи еще молодым человеком, Петр Великий, говорят, искренне любил приезжать в дедовскую вотчину и заходить в ее достопамятный храм. Та м он вдохновенно пел на клиросе, читал принесенный с собой Апостол и впоследствии даже пожертвовал храму эту богослужебную книгу издания 1684 г. с собственноручной надписью. Достоверность царского автографа подвергалась сомнению, считаясь пометкой одного из дьяков, отметившего на форзаце лишь то, что книга, принадлежавшая государю, была подарена им «в подмосковную вотчину боярыни Анны Леонтьевны Нарышкиной, в село Петровское, к церкве святых верховных апостол Петра и Павла». Как бы там ни было, но книга хранилась в храме вплоть до октября 1917 г. О том, что произошло с ней после того, нетрудно предположить.