В университете М. Н. Тихомиров много занимался у лучших профессоров. Позже, размышляя о задачах высшего образования, ученый не раз возвращался к впечатлениям тех лет. Он проходил школу изучения источников – и по русской истории и по зарубежной: законодательных памятников, актов, житийной литературы. «Определяющим учителем» для него стал Сергей Владимирович Бахрушин – ровесник Грекова, происходивший из образованной семьи богатейших московских купцов, известных благотворительностью и страстью к собиранию книг и других памятников культуры. М. Н. Тихомиров занимался под его руководством историей Новгорода и Пскова, но сам—то С. В. Бахрушин в то время как исследователь с особым интересом изучал прошлое Москвы: незадолго до поступления М. Н. Тихомирова в университет была опубликована работа Бахрушина о хозяйственной деятельности московских великих князей, в 1917 г. – большая статья «Московский мятеж 1648 года». К статье этой и по тематике и даже по терминологии заголовка – «мятеж» – близко дипломное сочинение М. Н. Тихомирова о Псковском мятеже 1650 г.[9] Написание обоих исследований было обусловлено возрастающим интересом к истории классовой борьбы в канун великих революционных событий 1917 г.
Прошлое Москвы очень интересует в студенческие годы и М. Н. Тихомирова. Среди немногих сохранившихся (или сохраненных им в его архиве) рукописей тех лет – конспекты трудов по истории Москвы, особенно московского церковного зодчества, выписки из материалов описаний подмосковных селений и их церквей, зарисовки (точнее сказать, чертежи) храмов и усадеб Подмосковья.[10] Можно предполагать, что сюжеты истории Москвы и ее культуры уже тогда были предметом взаимных интересов учителя и ученика.
Такая подготовка, или самоподготовка, оказалась настолько основательной и выверенной на практике при ознакомлении с памятниками Подмосковья, что это сразу же выявилось в необычайной по творческой интенсивности его работе краеведческого характера в городе Дмитрове, где М. Н. Тихомиров начал службу в союзе кооператоров: сначала практикантом по внешкольному образованию, затем инструктором по краеведению. Ему поручили организовать Музей истории родного края.[11] Тогда только вырабатывался тип уездного краеведческого музея с тремя главными разделами: современной промышленности и промыслов, природы и историко—культурным. Первоначально фонд музея пополнялся силами одного инструктора – заведующего музеем, «которому приходилось ездить по району для собирания материалов, вести техническую работу в музее по обработке этого материала, нести на себе хозяйственные обязанности и переговоры по делам музея».