К тому времени умерли все его сподвижники и ученики, в том числе и самые молодые. Чудом уцелел лишь один, уже пожилой, священник – архимандрит Петропавловского монастыря отец Прокопий. Последний не входил в число любимцев епископа Иоанна, поскольку очень осторожно относился к оценке событий в городе: не вмешивался в городскую жизнь, не поддерживал тех горожан, которые хулили знахарей-язычников и греховные привязанности князя, но занимался лишь делами церкви. Он ежедневно и подолгу проводил богослужения в Петровской церкви, горячо и искренне молился за здравие князя и горожан и почти не выходил из стен монастыря. Такая его позиция оказалась выигрышной: в городе не было никого, кто бы хоть в чем-то мог упрекнуть отца Прокопия. Даже некоторая отдаленность Петропавловского архимандрита от княжеского двора прибавляла ему славу «Божьего человека», для которого «все христиане равны»!
Что же касается владыки Иоанна, то он очень неохотно отдал свое епископское кресло человеку, избегавшему встреч с власть имущими. Лишь в самый последний момент, чувствуя приближавшуюся смерть и не желая остаться без наследника, он вызвал к себе в скромную келью, где возлежал на горячечном одре, отца Прокопия.
– Надо, чтобы ты, премудрый старик, – сказал тогда, с трудом ворочая распухшим языком, умиравший, – взял в свои руки всю духовную власть в этой земле! Ты не любил ходить на княжеские советы и встречаться со знатными людьми! Однако не обессудь: некому беречь нашу паству…А теперь бери в свои руки все наши приходы и поезжай в Москву, к святителю…Вот здесь грамотка, написанная мной, – больной с трудом, тяжело дыша, извлек из-под подушки перевязанный алой нитью свиток пергамента. – Там все сказано о твоем назначении…И возьмешь в моей казне серебро: я обговорил это дело с казначеем…
Заметив протест отца Прокопия, выраженный покачиванием головы, владыка поднял вверх дрожавшую руку: – У тебя нет выхода, Прокопий, – неожиданно громко сказал он, – поскольку воля покойного идет от самого Господа!.. – Он не договорил и уронил руку на грудь.
– Славный отец! – упал на колени отец Прокопий. – Прости меня за слабость грешного отрицания! Твоя посмертная воля – закон для меня!
И он уже на следующий день выехал в Москву, где был без промедления утвержден на епископском соборе самим митрополитом Феогностом. Ни один из церковных иерархов не возразил против его назначения: несмотря на богатство Брянска, никто не претендовал на тамошнюю епархию. При рукоположении на епископство московский митрополит, по просьбе брянского претендента, присвоил ему новое имя – Нафанаил. Так, брянский епископ отблагодарил своего предшественника, взяв его первое имя и сохранив о нем добрую память.