Вопрос же об избрании нового царя оставался открытым до истечения сорокового дня после кончины Феодора.
В ожидании этого «немедленно закрыли границы государства, – говорит наш известный историк С. Ф. Платонов, – никого через них не впуская и не выпуская. Не только на больших дорогах, но и на тропинках поставили стражу, опасаясь, чтобы никто не вывез вестей из Московского государства в Литву и к немцам… Избрание Царя должно было совершиться не только без постороннего участия и влияния, но и в тайне от посторонних глаз. Никто не должен был знать, в какой обстановке и с какой степенью единодушия будет избран новый московский Государь».
Вместе с тем было приказано съезжаться в Москву со всего государства членам созываемого собора для выбора нового царя.
Князья Шуйские, как прямые потомки Александра Невского, имели бы несомненно наибольшие права на престол, если бы было решено выбрать царя непременно из потомков Рюрика. Об этом, как увидим впоследствии, Ян Замойский вполне определенно высказывался на сейме в Польше.
Имели также большие права на престол и Романовы, как двоюродные братья почившего Феодора и как члены знаменитой боярской семьи, на протяжении столетий прославившей себя особой верностью московским государям и целым рядом выдающихся заслуг на пользу Родине.
Однако всем было ясно, что все клонилось к избранию Годунова. Этого, прежде всего, страстно желала сама царица-инокиня. Патриарх Иов, всецело обязанный Борису, конечно, также открыто стоял на его стороне и сам говорил, что имел по этому поводу немалые неприятности: «В большую печаль впал я о преставлении сына моего, царя Феодора Иоанновича; тут претерпел я всякое озлобление, клеветы, укоризны, много слез пролил я тогда».
Когда дьяк Василий Щелкалов объявил собравшемуся в Кремле народу о пострижении царицы, требуя присяги на имя Боярской думы, то ему отвечали из толпы: «Не знаем ни князей, ни бояр, знаем только царицу», а затем раздались голоса: «Да здравствует Борис Феодорович!»
Сам патриарх с духовенством, боярами и гражданами отправился просить царицу Ирину благословить брата на царство, так как при царе Феодоре «он же правил и все содержал милосердым своим премудрым правительством по вашему Царскому приказу». С такой же просьбой обратились и прямо к Годунову.