Но этим же приставам могло быть дано словесно и тайное поручение: держать заключенных в возможно большей тесноте и лишениях, причем, в случае их смерти, большой беды себе не ждать. На последнее предположение наводит зверское поведение пристава, состоявшего при Василии Никитиче и самовольно оковавшего его железными цепями. Василий Никитич, находясь уже при последнем издыхании, был переведен в Пелым и содержался вместе с больным своим братом Иваном. «Взял я твоего Государева изменника Василия Романова больного, чуть живого, – доносил о его смерти Годунову пристав, – на цепи, ноги у него опухли; я, для болезни его, цепь с него снял, а сидели у него брат его Иван да человек их Сенька; и я ходил к нему и попа пускал; умер он 15 февраля… а изменник твой Иван Романов болен старой болезнию, рукой не владеет, на ногу немного прихрамывает».
Еще ужаснее была судьба Михаила Никитича. Этот богатырь по силе и по росту и святой по жизни человек был заточен в селе Ныробе, причем пристав оковал его двухпудовыми цепями и заключил в тесную яму, где он, по-видимому, умер от голода. Сердобольные крестьяне тайно подавали ему пищу некоторое время, но затем были в этом пойманы, и пять человек из них пострадало.
Мощи Михаила Никитича были обретены нетленными в 1606 году; среди же жителей села Ныроба, несмотря на то, что со времени его кончины прошло более трехсот лет, до сих пор жива память о его страданиях, и он почитается ими святым. Ежегодно тысячи богомольцев приходят помолиться в Ныробской часовне у ямы, где был замучен Михаил Никитич, а в 1902 году небогатые жители этого села собрали 6000 рублей серебром, чтобы поставить колокол в его память, весом в 300 пудов.
Одним из доказательств, что смерть Михаила Никитича входила в намерение Годунова, служит то обстоятельство, что истязавший его пристав Роман Тушин получил вслед за его кончиною повышение, будучи назначен воеводою в Туринск.
Несладко жилось и Филарету Никитичу, который, вероятно, был оставлен Борисом в живых, как уже постриженный в иночество, а потому и почитавшийся не опасным, наравне с братом своим Иваном, хромым и не владевшим рукой.
Пристав Воейков, состоявший при Филарете в Сийском монастыре, строго следил за ним, расспрашивал каждого, кто имел с ним какой-либо разговор, и обо всем доносил в Москву Борису, но ни о чем подозрительном донести не мог.