В связи с тем, что печатные «Тезисы» в течение года распространились по всей Германии, римская курия приступила к процессу по обвинению автора в ереси, добиваясь от него отречения от заявленной позиции. В обстановке усиления споров среди немецких теологов состоялся диспут в Лейпциге, на котором Лютер выступил как оппонент профессора Ингольштадтского университета Иоганна Экка, отвергнув утверждения официального католицизма о божественном происхождении и непогрешимости папы.
Разрыв с католической церковью был дополнен тремя произведениями Лютера, в которых изложены программа Реформации и ее главные боевые лозунги. Первым было обращение к немецким князьям, составленное в надежде на созыв немецкого национального собора, – «К христианскому дворянству немецкой нации об улучшении состояния христианства». Здесь сказано, что миряне и священники уравниваются в своей принадлежности ко всеобщему священству. Отрицалось также превосходство духовной власти и канонического права над светскими властями и правом. Второй памфлет «О вавилонском пленении церкви» критиковал католическую трактовку причащения, а из семи церковных таинств, признавал соответствующими Писанию лишь два – крещение и причащение. Месса, важнейшее богослужение по католическому обряду, обвинялась как некое проявление идолопоклонства, поскольку, согласно католической догме, в ходе мессы приносится жертва Богу. Третий трактат, «О свободе христианина», учил, что свобода обретается в вере и не зависит от специальных богоугодных дел и заслуг. Эти произведения, с отчаянной смелостью доверенные печатному прессу, дискредитировали церковный монополизм Рима.
В ответ римская курия обнародовала буллу «Exsurge Domine», предписывающую сжечь все сочинения Лютера; автор должен был отречься от них в течение 60 дней. Поскольку печатный экземпляр этой буллы Лютер бросил в костер в присутствии горожан и студентов Виттенбергского университета, отлучение было объявлено буллой «Decet Romanum Pontificum». По действовавшему праву отлучение сопровождалось имперской опалой, вынесенной после заседания рейхстага в Вормсе в 1521 г., где в ответ на требование отречься Лютер произнес: «…Неправедно и неправомерно делать что-либо против совести. На том стою и не могу иначе».
Личную безопасность ему обеспечило укрытие в замке Вартбург близ Эйзенаха, принадлежавшем курфюрсту Фридриху Мудрому. Здесь в течение следующей зимы реформатор создал перевод Нового Завета на немецкий язык. Источником ему служил труд Эразма. В последующие годы Лютер кропотливо и увлеченно создавал перевод Ветхого Завета, пользуясь помощью