Вспоминая впоследствии свои скитания по тюрьмам, владыка писал: «Не много прожито, но много пережито. Всего лишь два года я епископ, но из этих двух лет я провёл шесть месяцев в узах: в темницах Елисаветграда, Одессы, Кривого Рога, Екатеринослава и, наконец, Харькова. Меня водили под конвоем пешком по улицам много раз, ездил я и в этапном вагоне поезда за решётками. Сидел я среди воров и убийц. Я вспоминал свои грехи вольные и невольные и радовался, что Господь дал мне пить чашу страданий за мои согрешения».
Из Харькова епископа отправляют в ссылку на Урал, сроком на 3 года, по приговору особого Совещания при Коллегии ОГПУ от 5 ноября 1926 года. В окрестностях, где поселился епископ, было мало верующих людей, и после служения среди огромной харьковской паствы он оказался миссионером в обстановке торжества воинствующего безбожия.
После трёхлетней ссылки, в декабре 1929 года епископ Онуфрий прибыл в Старый Оскол и вступил в управление епархией. Хотя выезд из города епископу был запрещён, это не помешало ему успешно управлять вверенной ему паствой.
После освобождения из третьего трёхмесячного заключения, в июне 1933 года, епископ Онуфрий возведён в сан архиепископа и назначен на Курскую кафедру. С огромной радостью и любовью встретили его православные в Курске. Жил владыка очень скромно, аскетом, никогда не заботился о хлебе насущном, будучи вполне доволен тем, что посылал Господь.
23 июля 1935 года последовал новый арест. На этот раз власти обвинили архиепископа Онуфрия в том, что он слишком часто обращался к верующим со словом проповеди, что благословил совершить несколько постригов в монашество, а также в том, что он оказывал материальную помощь нуждающимся и, в частности, освободившимся из заключения священнослужителям. Во время обыска у владыки были изъяты сделанные им выписки из книг святых отцов и духовных писателей, а содержание их было сочтено следователями контрреволюционным. Все выставленные против него лжесвидетельства архиепископ категорически отвергал. Но приговор суда все-таки состоялся. 9 декабря 1935 года архиепископа Онуфрия приговорили к десяти годам заключения в исправительно-трудовой лагерь. Владыка мужественно принял это решение. В марте 1936 года архиепископ Онуфрий был отправлен этапом на Дальний Восток, и вскоре, 1 июня 1938 года, был расстрелян в тюрьме г. Благовещенска. Погребён в безвестной общей могиле. Реабилитирован архиепископ Онуфрий 6 августа 1990 года, а в 2000 году причислен к лику святых новомучеников земли Русской. Память его совершается 1 июня по новому стилю. В этот же день в России празднуют Международный день защиты детей. Интересно, что святой Онуфрий при жизни очень любил детей, черпал в общении с ними утешение и радость посреди своей многострадальной жизни.