В свою очередь, авиационные командиры фактически оказались предоставлены самим себе. Они самовольно отдавали приказы о перебазировании, оставлении аэродромов и уничтожении матчасти. В результате никакой единой стратегии в применении авиации на огромном фронте не было. Это в полной мере касалось и штурмовиков. Лишь кое-где и кое-кем наносились разрозненные и потому малоэффективные удары.
Однако уже через неделю после вторжения советское руководство озаботилось авиацией. 29 июня была учреждена должность командующего Военно-Воздушными Силами Красной Армии и сформирован Военный совет ВВС. На главную должность назначили 41-летнего генерал-полковника Павла Жигарева. В состав же совета вошли заместители командующего, заведующий авиационным отделом ЦК ВКП(б), нарком НКАП, начальники управлений инженерно-авиационной службы и другие чиновники.
Новое начальство на основе многочисленных донесений с фронтов быстро осознало, что авиации в условиях быстрого отступления в глубь страны придется решать две основные задачи: бороться с вездесущими танками Вермахта и бомбардировщиками Люфтваффе, которые утюжили окопы, громили тылы, рассеивали подходящие резервы, словом, полностью дезорганизовывали оборону. При этом Сталин и его окружение настаивали на особой важности именно борьбы с танками.
Штурмовики по своему назначению как нельзя лучше подходили для атак подвижных войск противника. Атака с малой высоты и пикирование давали наибольшие шансы на успех. Однако вот здесь– то и сказались предвоенные провалы сталинского авиапрома. Имевшиеся на вооружении типы штурмовиков, большую часть которых составляли бипланы И-15бис и И-153 «Чайка», не были приспособлены для поражения точечных целей, тем более бронированных. И причиной тому были слабое пушечное вооружение и малая бомбовая нагрузка. Все это можно было в какой-то мере компенсировать только численностью.
К началу войны самой крупной организационной единицей в штурмовой авиации был полк, имевший по штату 60 машин. ШАПы были более или менее равномерно распределены по приграничным военным округам, преобразованным с началом боевых действий во фронты. Приказы по нанесению ударов по тем или иным целям отдавались им непосредственно командующими ВВС фронта на основе заявок, полученных от сухопутных частей, либо по собственному усмотрению.