В канун воскресных и праздничных дней Серафим приходит ко всенощной в монастырь, причащается за ранней литургией и, взяв хлеба на неделю, возвращается в пустынь. Хлеб он отдает птицам, зверям и огромному медведю, который слушается его и ест из его рук. Сам он в течение трех лет питается одной снытью. Эту траву он сам собирает в лесу и засушивает.
1804 год. В лесу к преподобному подходят трое одетых по-крестьянски. «Я ни у кого ничего не беру», – говорит им Серафим. Те не верят и настойчиво требуют денег. Тогда рослый и сильный иеромонах кладет топор на землю и складывает руки на груди: «Делайте, что вам надобно». Его бьют обухом по голове так, что кровь потоком устремляется изо рта и ушей. Потом связывают веревкой, избивают, как им кажется, до смерти. Но в келье Серафима нет ничего, кроме иконы…
Придя в сознание, Серафим кое-как развязывает себе руки и первым делом молится за своих убийц. С большим трудом он достигает монастыря. Волосы его спутаны и покрыты кровью, рот и уши в запекшейся крови, зубы выбиты. Врачи находят его состояние безнадежным: «Голова проломлена, ребра перебиты, грудь оттоптана, все тело покрыто смертельными ранами, лицо и руки избиты».
Восемь дней Серафим проводит между жизнью и смертью. Придя в себя, он отказывается от лечения. И, вопреки всем ожиданиям врачей, выздоравливает.
Известно, что преподобный был «росту высокого и телосложения весьма мужественного», имел «глаза светло-голубые под густыми бровями, взгляд проницательный, волосы светло-русые, усы длинные и густые и густую окладистую бороду». Это был красивый и сильный человек. После нападения в лесу подвижник постарел, сгорбился и превратился в согбенного старца, в «убогого Серафима».
Вскоре пришло известие о поимке трех убийц. Отец Серафим пригрозил, что, если их накажут, он скроется из Сарова. Их простили, и вскоре все трое пришли к старцу с покаянием.
1805-1808 годы. Через пять месяцев после нападения Серафим возвращается в свою дальнюю пустыньку. Начинается трехлетний подвиг столпничества. Ночью он стоит на высоком гранитном камне с воздетыми к небу руками, молясь Богу словами мытаря: «Боже, милостив буди мне грешному». Утром он переходит на другой, малый камень, который находится в его келье. Зимой он терпит мороз, осенью – дождь, летом – зной и укусы насекомых. Он выносит и нападения духов злобы поднебесных. «Они гнусны», – ответит Серафим через много лет на вопрос одного мирянина о бесах.