Удержание этих земель за Россией становилось жизненно важным для страны. В 1555 году сибирский хан, спасаясь от нападений Бухары, принял вассальную зависимость от Москвы и платил дань пушниной.
В ноябре 1562 года Иван начал поход на Полоцк и взял его в феврале 1563-го, открыв дорогу на Вильно и Ригу. Тем временем внутри России нарастало противостояние исполнительной и законодательной власти, и начались репрессии против членов Избранной рады, не желавших продолжения Ливонской войны.
В 1564 году русская армия потерпела два крупных поражения под Полоцком и Оршей. Внутри страны прошли новые репрессии – очевидно, против тех, кого ныне принято называть пацифистами. В том же году крымский хан Девлет-Гирей напал на Рязань. Положение спасли будущие известные опричники Алексей Данилович Басманов-Плещеев и его сын Федор: находясь в своих рязанских поместьях, они собрали местных служилых людей, и отбили набег.
В том же году Иван IV ввел опричнину.
Ливонская война обострила противоречия и внутри российской элиты, и между элитой и царём. Бояре поддерживали царя в борьбе с Казанью и Крымом, так как набеги угрожали их вотчинам и всему государству. Но значения борьбы за выход к морю они не понимали. Их противодействие политике централизации выливалось в заговоры против царя, и между Иваном IV и Избранной радой произошел разрыв. В конце концов, сторонники Избранной рады оказались отстранены от дел, умерли или бежали.
3 января 1565 года царь послал в Москву две грамоты. Первую – митрополиту, в которой объявлял об отречении от престола из-за «гнева» на бояр, духовенство, «детей боярских» и «приказных людей». Во второй – рядовым москвичам – он писал, что на них не гневается. Тем самым Иван стремился заручиться поддержкой посадского населения, – а это необходимое условие для рывка. 5 января царь принял депутацию москвичей, а дума и духовенство предоставили ему чрезвычайные полномочия. Иван согласился вернуться на царство, но объявил, что учредит особый двор и войско – опричнину.
Если ранее опричниной (от слова «опричь» – кроме) называли удел, который великий князь оставлял по завещанию своей вдове, то теперь это название получило новый смысл. Все государство делилось на две части: земщину и опричнину. Земщина – земли, управлявшиеся прежними органами во главе с Боярской думой, которой руководили князья Вольский и Мстиславский. В опричнину же отошли земли, выделенные на «прокорм» царя, на содержание его двора и особого отряда.