Руководить следствием в Угличе Боярская дума, а не один Борис Годунов, назначила Василия Ивановича Шуйского. К этому времени он был возвращен из ссылки и занял свое место в Боярской думе. Позже ряд историков и особенно писателей будут утверждать, что-де Шуйский стал зависимым клиентом, чуть ли не агентом Годунова. На самом деле Василий Иванович Шуйский был самым хитрым и изворотливым из бояр Шуйских. Ни о какой рабской зависимости Василия Шуйского от Годунова не могло быть и речи. Хотя с братьев Василия Шуйского и не была снята опала, они сохранили большинство своих вотчин. Богатейшими вотчинниками и членами думы оставались Скопины-Шуйские, которых опала вообще не коснулась. В такой ситуации расправа Годунова над руководителем следственной комиссии Василием Шуйским могла стоить Борису головы.
Замечу, что выбор Боярской думы был обусловлен не только знатностью Василия Шуйского, но и тем, что он до своей опалы в 1587 г. был начальником Судного приказа, то есть, говоря современным языком, что-то вроде генерального прокурора страны. Кому, как не ему, было поручить вести столь важное дело.
От церковных властей в состав комиссии вошел митрополит крутицкий Геласий. Заметим, что Годунова безоговорочно поддерживал патриарх Иов, но в церковных верхах была сильна оппозиция Годуновым. Мы увидим, что она сохранится, даже когда Борис станет царем. Никому из противников Годуновых не пришло в голову обвинять Геласия в прислужничестве Борису Годунову.
Важную роль в комиссии играли окольничий Андрей Петрович Клешнин и думный дьяк Елизар Вылузгин. Клешнин действительно поддерживал хорошие отношения с Годуновым, но, что гораздо более важно, он был зятем Михаила Нагого. Елизар Вылузгин заведовал Поместным приказом и среди приказных чиновников занимал одно из первых мест. В Угличе он имел в своем распоряжении штат подьячих, на которых и лежала вся практическая организация следствия. Члены комиссии принадлежали к различным придворным группировкам. Все они шпионили друг за другом, пристально следили за всеми действиями своих «коллег», чтобы использовать в своих интересах любую малейшую их оплошность. Таким образом, утверждение, что-де все члены комиссии были приверженцами Годунова, является досужим вымыслом.
Ряд историков XIX века, пристрастно относившихся к Годунову, выступали с утверждением, что дошедшее до нас следственное дело о смерти царевича представляет собой подделку. Сразу же бросались в глаза следы поспешной обработки «углицкого дела». Кто-то разрезал и переклеивал листы, придавая им неправильный порядок, начало вообще исчезло.