Ряд историков утверждает, что все свидетельские показания были получены под действием угроз. Факт жестоких преследований жителей Углича засвидетельствован многими источниками. Но репрессии на самом деле имели место не в дни работы следственной комиссии Шуйского, а много месяцев спустя. Комиссия же не преследовала своих свидетелей. Исключение составил лишь один случай, зафиксированный в следственных материалах. «У распросу на дворе перед князем Василием» слуга Битяговского «изымал» царицына конюха и обвинил его в краже вещей дьяка Битяговского. Эти обвинения подтвердились, и конюха с сыном взяли под стражу. На том и закончились все репрессии угличан в дни следствия.
Нарисованная следствием картина гибели царевича Димитрия была на редкость полна и достоверна. Расследование практически не оставило места для неясных вопросов.
Наши историки традиционно опускают факт осмотра комиссией тела убитого царевича. А между прочим, члены комиссии сразу же по прибытии в Углич 19 мая первым делом отправились в Спасо-Преображенский собор. Их сопровождали мать, родные царевича и «все добрые граждане». Нагие подсуетились и подложили на тело Димитрия окровавленный нож. Василий Шуйский лично, в присутствии десятков людей, собравшихся в соборе, брезгливо отложив нож в сторону, внимательно рассматривал лицо ребенка, а затем его рану на гортани.
В субботу 22 мая в Спасо-Преображенском соборе митрополит Геласий совершил отпевание и со всеми подобающими царевичу почестями предал его тело погребению в этом же храме, который еще в удельное время служил усыпальницей угличских князей.
Обратим внимание, труп ребенка восемь дней лежал на открытом воздухе, а это по новому стилю с 25 мая по 1 июня, причем, по данным следственного дела, погода была жаркая, вскрытия тела и бальзамирования не проводилось. Риторический вопрос, что будет с трупом за восемь дней? Теперь предположим, что тело царевича пусть не благоухало, но по крайней мере не воняло. Это, естественно, должно было заинтересовать и Геласия, и местное духовенство и найти какое-то отражение в следствии. Но, увы, тело разлагалось самым естественным образом.
Результаты следствия в Угличе были рассмотрены 2 июня 1591 г. на церковном соборе в Москве. Собор единодушно утвердил приговор:
«И патриярх Иев со всем освященным собором, слушев углетцкого дела, и сказу митрополита Галасеи, и челобитные городового приказщика Русина Ракова, говорил на соборе.