От школы Ицуня берут свое начало два направления: школа Юньмэнь (Облачных врат), созданная Юньмэнь Вэньвэем, и школа Фаянь, берущая свое начало от наставника Сюаньша.
В эпоху Северная Вэй школа Линьцзи разделяется на две ветви. Одна была основана Хуанлуном Хуэйнанем и получила название школа Хуанлун («Желтого дракона»), другая базировалась на проповеди Фанхуэя с гор Янци, и поэтому стала именоваться школой Янци.
Существовала и другая ветвь, идущая от Хуэйнэна. Ее возглавлял Цинъюань Синсы. Его учеником становится Дуншань Ляньцзе, у которого училось много великих мастеров, давших начало сразу трем большим школам Чань. Прежде всего у Ляньцзе получал наставления Фаянь Вэньи – основатель школы Фаянь. Из школы Фаянь выходит четвертая большая школа Чань Юньмэнь, название которой пошло от гор Юньмэнь и наставника Юньмэнь Вэньяня.
Еще одним учеником Дуншаня Ляньцзе становится Цаошань Бэнцзи – основатель последней великой школы Чань, называемой Цаодун. Школа Цаодун вместе со знаменитым японским проповедником Догэном Кигэном (1200–1253) проникает в Японию и становится там популярной под названием Сото, а крупнейший проповедник Эйсай (1140–1215) основывает японское направление школы Линьцзы (яп. Риндзай).
В поздний период Чань становится достоянием самый различных слоев населения от тайных обществ до утонченный аристократов. Сохранился и монастырский чань-буддизм, центром которого является знаменитый Шаолиньсы в провинции Хэнань, где по легенде и возникла первая чаньская школа. Правда, количество школ значительно уменьшилось, из пяти классических «семей» сохранилось лишь три: школа Цаодун с центром в Шаолиньсы, Линьцзи и Хуанпи.
Сегодня чань-буддизм – наиболее влиятельное учение китайского буддизма, многие его уложения, дисциплинарные правила, формы практики, медитации вошли в обиход многих других форм буддизма. Чань даже в известной мере изменил лексикон буддийских школ, в частности, если традиционно монастыри именовались «сыюань», то вслед за чаньскими монахами сегодня их стали называть «цунлинь» – дословно «чаща» «заросли [пагод]». Большинство буддийских академий в Китае и на Тайване носят именно чаньский характер, в XVI–XIX вв. немало чаньских монахов возглавляли знаменитые китайские тайные общества, а сегодня они нередко являются неформальными лидерами местных деревенских общин.