Тем не менее войны с Митридатом VI и сопутствующее пиратство показали, по крайней мере для наблюдателей, важность военно-морской мощи, что позабылось со времени Пунических войн. Понадобились гражданские войны, чтобы преподать урок с неоднократными подтверждениями. В первом из этих сражений Цезарь нанес поражение Помпею, несмотря на то что тот располагал более мощным флотом, поскольку Помпею не удалась в 49 году до н. э. попытка помешать переправе Цезарем подкреплений через Адриатику, а затем разбить в 48 году до н. э. Цезаря у Диррахия. Как удачно выразился один современник, «в наиболее важной кампании Помпей полагался на военно-морскую мощь, Цезарь – на море, и, несмотря на весь драматизм, победило море».[14] И все же патрулирование моря – причем, следует заметить, зимой (в ноябре – декаб ре 49 г. до н. э.) – чуть не увенчалось успехом. Его способность задержать действия Цезаря показала как важность, так и ограниченность возможностей флота. На самом деле в умелом использовании военно-морской мощи Помпей имел мало конкурентов в римской истории.
Хотя военные походы Цезаря порой претерпевали трудности из-за нехватки флота, сам Цезарь не пренебрегал ни флотом, ни его ролью. С началом борьбы с Помпеем он предпринял срочные меры для защиты Сицилии и Сардинии. Это делалось для пресечения, таким образом, любых планов Помпея использовать свой флот, «чтобы отрезать поставки в Италию и завладеть хлебом провинций» («ad intercludendos commeatus Italiae et ad occupandas frumentarias provincias»).[15] Во время короткой остановки в Риме в 49 году до н. э. он приказал строить военные корабли на побережье как Адриатического, так и Тирренского морей.[16] С другой стороны, Помпей смог стребовать с Востока средства на флот и к началу 48 года до н. э. обеспечил себя почти трехстами кораблями, поделенными на пять эскадр: египетскую, азиатскую, сирийскую, либурнианскую, ахейскую и родосскую.[17] Поскольку численность кораблей с Востока во время войн с Митридатом VI была менее сотни, а египтяне прислали только шестьдесят судов, его флот состоял большей частью из кораблей новой конструкции. Они были укомплектованы как рекрутированными гребцами, так и опытными моряками, призванными с торговых судов Востока. В следующие двадцать лет численность призывников неуклонно росла по мере увеличения военного флота до окончательной численности примерно в тысячу кораблей.