Начиная с конца 90-х годов появление новых модификаций вредоносных программ стало приобретать лавинообразный характер, и к началу 2000-х число вирусов и троянцев для операционных систем семейства Microsoft Windows насчитывало уже сотни тысяч.
Если вирусописатели 90-х были, в основной своей массе, энтузиастами-одиночками, создававшими вредоносное ПО либо для собственного развлечения, либо в целях самоутверждения, то в новом тысячелетии производство троянских программ и компьютерных вирусов встало на коммерческие рельсы. Злоумышленники научились извлекать из распространения своих творений непосредственную финансовую выгоду, и в наши дни объемы этого незаконного теневого рынка составляют, по разным подсчетам, многие сотни миллионов долларов.
В 2000 году серьезную опасность для пользователей представлял червь «I LOVE YOU», распространявшийся в виде вложения в сообщения электронной почты. Потенциальная жертва получала письмо с вложением, содержавшее строку «ILoveYou». При попытке открыть вложение на атакуемом компьютере запускался VBS-сценарий, который рассылал копию червя по всем адресам электронной почты из адресной книги Microsoft Outlook. В общей сложности от действия этой вредоносной программы пострадало более 3 млн пользователей по всему миру.
Другой почтовый червь, известный под наименованием MyDoom, атаковал компьютеры пользователей в 2004 году. Инфицировав компьютер, MyDoom блокировал пользователю доступ к сайтам антивирусных компаний и компании Microsoft. Червь предназначался для организации массовых атак на отказ в обслуживании (DDoS-атак) на различные сайты.
В 2006 году было зафиксировано появление первых массовых ботнетов – вредоносных сетей, созданных с использованием автономно действующих дистанционно управляемых программ (ботов). Одной из первых и наиболее крупных таких бот-сетей стал Rustock. Данный ботнет, предназначенный для рассылки рекламных почтовых сообщений – спама, насчитывал на начальном этапе более 150 тысяч зараженных ПК, а в момент пика своего роста – более 2 миллионов. Компьютеры, инфицированные Rustock, позволяли злоумышленникам отсылать более 25 тысяч рекламных писем в час, благодаря чему ботнет приносил своим создателям миллионные прибыли.
В 2007 году в России было отмечено появление первых