Наполеон также открыто выразил недовольство отступлением командующего российской армией М. П. Барклая-де-Толли, которого он, конечно же, хотел разбить уже на начальном этапе войны: «Я не знаю Барклая-де-Толли, но, судя по началу кампании, я должен думать, что у него военного таланта немного. Никогда ни одна из ваших войн не начиналась при таком беспорядке… Сколько складов сожжено, и почему? Не следовало их устраивать или следовало их употребить согласно их назначению. Неужели у вас предполагали, что я пришел посмотреть на Неман, но не перейду через него? И вам не стыдно? Со времени Петра I, с того времени, как Россия – европейская держава, никогда враг не проникал в ваши пределы, а вот я в Вильне, я завоевал целую провинцию без боя. Уж хотя бы из уважения к вашему императору, который два месяца жил в Вильне со своей главной квартирой, вы должны были бы ее защищать! Чем вы хотите воодушевить ваши армии, или, скорее, каков уже теперь их дух? Я знаю, о чем они думали, идя на Аустерлицкую кампанию, они считали себя непобедимыми. Но теперь они наперед уверены, что они будут побеждены моими войсками».
Фактически утренняя и обеденная аудиенции Балашова завершились безрезультатно, что демонстрировало окончательность и бесповоротность решения Наполеона по поводу конфликта. После уведомления о встрече Александр I решил не публиковать торжественного манифеста и лишь отдал приказ по войскам, объявляющий о вторжении Наполеона и начале войны. Тем временем армия Наполеона стремительно приближалась собственно к Вильне, где находился русский император.
Переправа первой группы солдат армии Наполеона численностью 220 000 человек заняла 4 дня (под Ковно реку форсировали 1-й, 2-й, 3-й пехотные корпуса, гвардия и кавалерия). Первым боевым столкновением с русской армией была атака конницей Мюрата ее арьергарда 25 июня возле селения Барбаришки. Подобные стычки имели место при Румшишках и Попарцах.
Вторая группировка (около 67 000 солдат под командованием вице-короля Италии Евгения Богарне) перешла Неман южнее Ковно (около Прены) 17–18 (29–30) июня. В этот же период еще южнее, около Гродно, реку пересекли 4 корпуса (до 80 000 солдат) под общим командованием короля Вестфалии Жерома Бонапарта.
На северном направлении, возле Тильзита, Неман пересек 10-й корпус маршала Жака Макдональда, нацеленный на Петербург; на южном направлении (со стороны Варшавы через Буг) двигался отдельный Австрийский корпус генерала Карла Шварценберга (больше 30 000 солдат).