Начиная с осени 1938 года в органах внутренних дел началась планомерная «чистка» оперативно-чекистских кадров, которая декларировала своей задачей «восстановление социалистической законности» после правового беспредела периода массовых репрессий. Эту работу никак нельзя считать «политическими репрессиями против честных работников», поскольку по своей сути она представляла в какой-то мере кадровую революцию в органах госбезопасности, направленную на радикальное обновление их персонального состава. Всего за этот период, включая 1939 год, из органов НКВД было уволено 7372 сотрудника, из которых арестам подверглись 937 «ежовцев», наиболее отличившихся (в отрицательную сторону) исполнителей массового террора. В то же время по инициативе особоуполномоченного Круглова С.Н. из тюрем было освобождено более восьми тысяч чекистов, незаконно отправленных за решётку по оговору или предательству.
С учётом ранее проводившихся мероприятий произошло значительное омоложение руководящего состава наркомата, большую часть которого теперь составляли работники в возрасте от тридцати до тридцати пяти лет. При этом в новой среде стало заметно снижение стажа работы в органах внутренних дел, поскольку в конце 1938 – начале 1939 годов по путёвкам ЦК ВКП(б) был произведён организованный «партийный набор» на руководящую работу в системе НКВД из представителей партийных, советских и народнохозяйственных организаций. Общее число руководящих работников (к которым относились нарком и его заместители, начальники управлений и отделов центрального аппарата, наркомы внутренних дел союзных и автономных республик, начальники управлений НКВД краев и областей, входивших в состав РСФСР, Украинской, Белорусской и Казахской ССР) постепенно росло как в результате образования новых административно – территориальных единиц, так и за счёт создания ранее отсутствовавших управлений и отделов в структуре центрального аппарата наркомата. Значительно изменился национальный состав руководящих кадров. Если до начала репрессий русские составляли лишь треть, а евреи почти половину от общего числа начальников, то по состоянию на 1939 год число представителей титульной нации (русских) увеличилось до двух третей и продолжало расти, а количество евреев сократилось до четырёх процентов и имело тенденцию к дальнейшему уменьшению. Кроме того, из состава органов убрали представителей так называемых «иностранных национальностей» – поляков, латышей, немцев. Если до 1938 года среди руководящих работников был очень высок процент людей с начальным образованием, то теперь образовательный уровень начальствующего корпуса несколько повысился, хотя доля руководителей с высшим образованием была не слишком велика, всего 38 %. Наряду с этим пятая часть работников всё равно оставалась с начальным образованием (то есть умели читать и писать). В этом ведомстве опыт работы, верность и преданность часто ценились больше, чем интеллектуальный уровень.