Осенью 1919 года Могилевского вернули в Москву заведующим следственной частью московской Чрезвычайной комиссии, затем повысили – утвердили заместителем начальника особого отдела МЧК.
В августе 1921 года, после ухода Давтяна, Соломон Могилевский стал руководителем иностранного отдела ВЧК. Видимо, учли, что до революции он некоторое время жил в эмиграции, следовательно, среди не слишком грамотных чекистов считался знатоком иностранной жизни.
В феврале 1922 года ВЧК преобразовали в Государственное политическое управление при Наркомате внутренних дел. В утвержденном политбюро, а затем и ВЦИК «Положении о Государственном политическом управлении» перечислялись задачи нового ведомства:
– предупреждение и подавление открытых контрреволюционных выступлений;
– борьба с вооруженными восстаниями,
– раскрытие контрреволюционных организаций в народном хозяйстве;
– охрана государственных тайн и борьба со шпионажем;
– охрана железнодорожных и водных путей сообщения, борьба с хищениями грузов;
– охрана государственных границ;
– выполнение специальных заданий ВЦИК и Совнаркома по охране революционного порядка.
Разведка в этом исчерпывающем перечне задач ГПУ даже не упоминается. Это свидетельствует о том, что закордонная разведка в тот момент мало интересовала руководство страны. Иностранный отдел включили в состав секретно-оперативного управления ГПУ.
Разведкой Могилевский руководил недолго. В те годы шла кадровая чехарда, более или менее ценных работников перебрасывали с места на место. В марте 1922 года Могилевского назначили полномочным представителем ГПУ в только что созданной Закавказской Федерации, объединившей Грузию, Азербайджан и Армению. Одновременно он получил под командование внутренние и пограничные войска Закавказской Федерации. Заместителем ему дали Лаврентия Павловича Берию, молодого, но подававшего большие надежды чекиста.
За подавление восстания в Грузии, которое назвали меньшевистским, Могилевский получил орден Красного знамени.
Соломон Могилевский погиб 22 марта 1925 года, когда во время перелета из Тифлиса в Сухуми загорелся и рухнул самолет «Юнкерс-13». Погибли и летевшие с ним кандидат в члены ЦК и секретарь Закавказского краевого комитета партии Александр Федорович Мясников (Мясникьян), заместитель наркома рабоче-крестьянской инспекции Георгий Александрович Атарбеков и оба летчика.