В начале 1918 года вступила в строй подводная лодка «Буревестник». 14 января 1918 года подводная лодка «Нерпа» вошла в состав красных Морских Сил. В этом же году была введена в строй подводная лодка АГ-21 и в Николаеве спущена на воду подводная лодка АГ-22.
С 1 февраля в красной России перешли на григорианский календарь, вместо действовавшего ранее юлианского. После 31 января 1918 года последовало не 1 февраля, а сразу 14 февраля 1918 года. Однако на кораблях Русского флота счет дней вели по старому стилю, в лучшем случае записывая двойную дату через дробь. В марте 1918 года на подводной лодке «Нарвал» по неизвестной причине функционировал судовой комитет, хотя на Балтике Центробалт и судовые комитеты были распущены еще в феврале как органы, дезорганизующие управление и разлагающие судовые команды. На Черном море комитеты продолжали разваливать флот. 3 марта был заключен Брестский мир. Территория Украины отторгалась от России. Взяв Перекоп, германские войска двинулись к Севастополю, чтобы захватить корабли Черноморского Флота. Красные части с трудом сдерживали германские войска. Германское военное командование, маскируя свои истинные намерения, потребовало передать Черноморский флот «украинской державе». Немцы обещали не трогать корабли флота, если они поднимут украинские флаги и подчинятся украинскому командованию гетмана Скоропадского. 12 марта подводная лодка №-3 была оставлена на реке Дунай в районе г. Рени и захвачена австро-венгерскими войсками. В силу технической недозрелости противника, или, скорее всего, за ненадобностью, подводная лодка не была приведена в боевое состояние. Позже она досталась румынским войскам и исчезла. 17 марта подводная лодка «Нерпа», находящаяся в капитальном ремонте в Николаеве, также была захвачена австро-германскими войсками. В апреле 1918 года на подводной лодке «Орлан» судовой комитет продолжает функционировать. 29 апреля три линейных корабля Черноморского флота подняли «жовто-блакитные» флаги. Но, и после подъема на них украинских флагов германские войска не остановили наступление на Севастополь. Узнав об этом обмане, команды линкоров сорвали желто-голубые флаги, подняли красные и ночью 1 мая ушли вслед за миноносцами в Новороссийск. В мае 1918 года подводные лодки «Налим», «Скат», «Лосось», «Судак», «Карп», «Карась», «Тюлень», «Краб», «Кашалот», «Кит», «Нарвал», «Буревестник», «Гагара», «Орлан» и «Утка» были оставлены в Севастополе и, являясь собственностью красных, в соответствии с принятым соглашением поступили в управление Германского Адмиралтейства «до заключения всеобщего мира». Таково было официальное заявление германского командования. На самом деле оно просто захватило почти все корабли флота, а новейшие подводные лодки «Буревестник», «Орлан», «Утка» и «Гагара» ввело в состав своих сил, переименовав в US1, US2, US3 и US4 соответственно. Вскоре подводные лодки «Утка» и «Буревестник» передали Морским Силам Юга России, а подводную лодку «Гагара» укомплектовали подводниками с германской подводной лодки UB14.