Смерть в 1584 г. Франциска Алансонского, младшего брата бездетного короля Генриха III, привела к тому, что дофином Франции стал Генрих Наваррский, первый принц крови из династии Бурбонов и глава французских гугенотов. Политическая анархия в стране позволила Испании начать военную интервенцию во Францию. В том же 1584 г. Филипп II заключил тайный договор с восстановленной французской Католической лигой. По его условиям Генрих Наваррский лишался прав на престол, наследником объявлялся его дядя – кардинал Карл Бурбон, Испания в случае необходимости обязалась оказать помощь Лиги деньгами и войсками. Когда Генрих III пал от руки подосланного Лигой убийцы, а глава гугенотов был провозглашен королем Генрихом IV (1589–1610) и родоначальником новой династии Бурбонов на французском престоле, Филипп II открыто объявил о военной помощи Лиге. В августе 1590 г. во Францию вторглась большая испанская армия во главе с наместником Нидерландов А. Фарнезе. Испанцам удалось прорваться в Париж (его удерживали военные силы Лиги), где с февраля 1591 г. разместился испанский гарнизон. В 1592 г. особый испанский отряд высадился и закрепился в Бретани. Военными действиями на территории французского королевства воспользовалось Савойское герцогство, расположенное на границе Франции и испанских владений в Италии. Еще в 1588 г. Савойи удалось отнять у Франции ее последнее итальянское владение – маркизат Салуццо, а в 1590 г. она, выступая в качестве союзника Испании, направила свою армию в Прованс, которая весной следующего года даже заняла на некоторое время Марсель.
Интервенция Испании оказалась достаточной лишь для того, чтобы затянуть гражданскую войну, не допустить быстрой победы короля-гугенота. Но нанести ему решительное поражение Филипп II был не в состоянии, поскольку ситуация в Нидерландах постоянно требовала присутствия там главных сил испанской армии. Зато Генрих IV получал военную и финансовую помощь из Лондона, английские солдаты сражались против испанцев в Нормандии и Бретани. Отрекшись от кальвинизма и будучи официально коронован, Генрих IV в марте 1594 г. вступил в Париж. В январе 1595 г. он объявил войну Испании, заключив союзный договор с Англией и Республикой Соединенных Провинций (Голландской республикой). Общий итог войны был ясен уже тогда. Завоевательные планы Испании в отношении Англии и Франции, ее попытки покончить с независимостью Соединенных Провинций провалились. Но и союзники не были достаточно сильны, чтобы изменить характер войны, превратить ее в наступательную. В 1598 г. Генрих IV заключил сепаратный Вервенский мир с Испанией и Савойей на основе статус кво. Отношения Франции с Савойей были окончательно урегулированы в 1601 г., когда савойский герцог получил Салуццо в обмен за уступленные им франкоязычные территории в Южной Бургундии. Выход Франции из войны не означал разрыва ее союзнических отношений с Республикой Соединенных Провинций – франко-голландский союз стал традицией, одной из доминант политической жизни Европы на последующие три четверти века.