Еще одной сложностью в начале функционирования Представительства были отношения с Константинопольским Патриархатом, которым в 1996 году была создана Гонконгская епархия, к территории которой относился и Таиланд. Управляющий этой епархией митрополит Никитас, пользуясь поддержкой греческого и американского дипломатического корпуса, в своих контактах с соответствующими представителями власти пытался представить Константинопольского Патриарха аналогом Римского Папы для православного мира. В этой связи на первом этапе православному приходу Русской Православной Церкви властями было предложено для легализации признать юрисдикцию гонконгского архиерея.6 Объяснить особенности канонического устройства Православной Церкви властям Королевства удалось лишь со временем, решающую роль в этом стало посещение Таиланда председателем Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом. Впрочем, и после этого визита митрополита Кирилла понятие автокефалии требовало разъяснений для официальных лиц Королевства.
6 Олег (Черепанин), игум. Указ. соч. С. 166-168.
Глава Буддийской традиционной Сингхи России Пандито Хамбо Лама Дамба Аюшеев в своем письме на имя короля Таиланда от 25 февраля 2002 года писал: «Законы Королевства Таиланд предусматривают в христианстве лишь две ветви – римско-католическую и протестантизм, которые и зарегистрированы властями Королевства, а от всех новых религиозных групп требуют 5000 последователей из местного населения. Однако мировое христианство исторически делится на три ветви, древнейшая из которых Православие. И внутренние законы Православной Церкви не позволяют ее последователям получить регистрацию от гражданских властей под эгидой какой-либо другой христианской Церкви. Все это приводит к тому, что закон Таиланда о религиях, помогающий легализации различных течений протестантизма, весьма затрудняет регистрацию Православной Церкви. Еще одной особенностью Православной Церкви является то, что Православие в современном мире делится на 15 автокефальных (самоуправляющихся) Православных Церквей, крупнейшей из которых является Русская. И также, как независимые страны не могут представлять интересы друг друга, самоуправляющиеся автокефальные Церкви, имея общие правила веры, не могут, однако, представлять одна другую. Отсутствие же государственной регистрации Русской Православной Церкви в Таиланде, хотя бы и в качестве Представительства, создают для нее много трудностей, начиная от предоставления определенной визы для священнослужителя и строительства своего храма до невозможности приобретения автомобиля и открытия счета в банке».7