Общее руководство таможенным делом осуществляет Президент Республики Беларусь. Он определяет государственную таможенную политику.
Республиканским органом государственного управления, реализующим государственную таможенную политику и осуществляющим непосредственное руководство таможенным делом, является Государственный таможенный комитет Республики Беларусь. Он обеспечивает выполнение задач в сфере таможенного дела и единообразие применения таможенного законодательства Евразийского экономического союза и законодательства о таможенном регулировании Республики Беларусь всеми таможенными органами на территории Республики Беларусь.
Система таможенных органов включает государственный таможенный комитет, таможни и государственные учреждения, создаваемые для обеспечения выполнения функций, возложенных на таможенные органы.
Государственный таможенный комитет и таможни являются правоохранительными органами. Государственный таможенный комитет имеет статус министерства, возглавляется председателем Государственного таможенного комитета, который является министром. Положение о ГТК утверждается Президентом Республики Беларусь.
Государственному таможенному комитету Республики Беларусь непосредственно подчинены таможни, а также создаваемые им организации, деятельность которых способствует выполнению функций, возложенных на таможенные органы.
Создание и ликвидация таможен осуществляются ГТК по согласованию с Президентом Республики Беларусь. Правительство Республики Беларусь вправе определять компетенцию таможен в части осуществления ими отдельных функций, возложенных на таможенные органы, совершения определенных таможенных операций, а также зоны их оперативной деятельности. Таможни обладают различными функциями. Например, Минская центральная таможня занимается вопросами материального обеспечения таможенных органов, разработкой программного обеспечения и т. д.
Таможни являются государственными органами, обладающими правами юридического лица, и действуют на основании положений, утверждаемых ГТК.
Задачи таможенных органов определены ст. 6 Таможенного кодекса Таможенного союза:
• содействие реализации единой торговой политики государств – членов ЕАЭС;
• обеспечение исполнения таможенного законодательства ЕАЭС и иного законодательства государств – членов ЕАЭС, контроль за исполнением которого возложен на таможенные органы;