На следующий день Мурада III похоронили рядом с могилой его отца Селима в саду у мечети Айя София, где Мехмед III повелел воздвигнуть мавзолей. Его повеление выполнил архитектор Давут-ага. Памятник будет сделан и украшен самым роскошным мрамором, подобно памятникам другим монархам».
Сафие Султан, фаворитка Мурада III и мать Мехмеда III, стала после смерти Нурбану Султан одной из важнейших фигур в Османской империи. Венецианка по происхождению, София Баффо, возможно, была близкой родственницей Нурбану Султан. Молоденькую красавицу-рабыню подарила Мураду одна из его кузин. В гареме девушка получила новое имя Сафие и на долгие годы стала единственной возлюбленной султана. Как свидетельствуют османские источники, Мурад не женился на Софие официально, однако везде (даже в трудах крупнейшего османского историка Мустафы Али) эта яркая, мудрая и харизматичная женщина фигурирует как жена султана. Посол Джан Франческо Морозини писал в 1585 году:
«…хотя Сафие не является официально женой султана, все ее так называют».
Ко времени правления Мурада то, что еще два поколения назад было вызывающим нарушением традиций, стало органической частью жизни двора. За этот период сложился новый династический институт, в котором одну из решающих ролей в государстве играла хасеки, мать старшего сына султана и наследника престола. Сафие играла роль, сравнимую с ролью королев в европейских государствах, и даже рассматривалась европейцами в качестве королевы.
После смерти Нурбану Султан, постоянно пытавшейся отдалить Сафие от сына и расшатать ее власть над ним, влияние Сафие Султан резко возросло. Еще один венецианский посол, Джованни Моро, писал в своем отчете:
«…она имеет власть как мать принца, иногда она вмешивается во внутренние дела государства, она очень уважаема в этом, Его Высочество к ней прислушивается и считает ее рассудительной и мудрой».
А в отчете английского посла Эдварда Бартона значится:
«…султанша Софие подарила вышеназванному королю много сыновей и дочерей, большинство из которых умерли, остался только один сын, нынешний султан Мехмед».
Мехмед III начал свое правление Османской империей с крупнейшего в истории османов братоубийства: он приказал задушить 19 своих кровных братьев по отцу (самому старшему из мальчиков было всего 11 лет!), а беременных фавориток отца утопить в Босфоре. Раввин Соломон писал в своем донесении английскому послу: