Наряду с расширением представлений о предмете шел процесс концептуализации понимания предмета историко-научных исследований – от смутно осознаваемых интуитивных представлений о предмете до рациональной реконструкции процесса развития науки (в ее истории) на основе тщательно разработанной теоретической схемы процесса развития науки. Первые попытки отталкивались от наивного (по сегодняшним меркам) желания восстановить «то, что было», какова была историческая уникальная реальность, Основным методом был эмпирический, однако узость понимания предмета при решении более сложных задач (чтобы понять закономерности развития науки) неизбежно приводила и приводит сторонников реалистического подхода к субъективному релятивизму.
Следующий шаг в теоретизации представлений о предмете ИНИ – это постепенное введение в исследование все большего числа политических, социально-экономических, демографических, обще культурных и других факторов, выявление причин событий, учет общих законов развития науки (а не только часто очевидной уникальности конкретного научного открытия) и на их основе – причинно-следственное объяснение процесса развития науки. Уточняется предметная область, а в качестве методов исследования используются гипотетические «концепции и модели развития науки», которые, собственно, и проверяются на историческом материале.
И наконец, сам процесс теоретизации, концептуализации представлений о предмете И НИ может стать и становится объектом внимания и научного интереса исследователя, превращаясь постепенно в сложную и важную научную задачу. Таким образом, от выявления причин и факторов (социально-экономических и др.), влияющих на развитие науки, исследователь переходит к их систематизации, классификации и другим процессам упорядочения. Это неизбежно вводит исследователя в сферу так называемого внеисточникового знания, т. е. в область его собственной мировоззренческой позиции, его идеологической и социально- политической установки и сословно-классовой позиции, в его строй мышления. Различия во внеисточниковом знании, естественно, сказываются на понимании исследователем предмета И НИ, на схему его рассуждений, в то же время они приводят к использованию большого арсенала методов исследования. Это, пожалуй, самый сложный уровень и этап обобщения знаний в развитии той или иной науки.