Выраженное смещение направлений как научных исследований, так и практической деятельности со сферы общественного здоровья и профилактики к проблемам организации медицинской помощи отразилось в изменении названия кафедр: в 1941 г. они были переименованы в кафедры организации здравоохранения.
С началом Великой Отечественной войны основное внимание специалистов по социальной гигиене было сосредоточено на вопросах научного обоснования медико-санитарного обеспечения фронта и организации медицинской помощи в тылу, предупреждения вспышек инфекционных заболеваний. Итогом этой работы стало создание системы этапного лечения раненых и заболевших, что позволило вернуть в строй сотни тысяч солдат и офицеров действующей армии.
В 1945 г. после возобновления работы Института усовершенствования врачей в г. Минске был открыт курс «Организация здравоохранения», который в 1947 г. был преобразован в одноименную кафедру, возглавляемую в 1951–1953 гг. министром здравоохранения БССР И.А. Инсаровым, внесшим значительный вклад в развитие теории и практики общественного здоровья и здравоохранения в Беларуси. Так, под его руководством после окончания Великой Отечественной войны была восстановлена система здравоохранения, заново создана лечебно-профилактическая сеть, организована противоэпидемическая работа, ликвидированы очаги инфекционных заболеваний. В 1947 г. было начато объединение амбулаторий и поликлиник с больницами, что привело к укреплению районных больниц как центров специализированной медицинской помощи сельскому населению. Кроме того, была значительно повышена роль областных больниц. В 1950 г. было принято новое Положение о сельской участковой больнице, в котором определялись ее задачи и функции, особо отмечалась необходимость осуществлять диспансерное наблюдение за состоянием здоровья отдельных групп населения, проводить наблюдение за санитарным состоянием населенных мест. Это Положение легло в дальнейшем в основу мероприятий местных органов здравоохранения по развертыванию сети сельских участковых больниц и организации их деятельности.
В первые послевоенные годы сотрудниками кафедр организации здравоохранения большое внимание было уделено изучению медико-социальных последствий войны. В частности, этой проблеме была посвящена кандидатская диссертация Д.П. Беляцкого «Влияние немецкой оккупации на заболеваемость сыпным тифом населения БССР» (1948), руководившего в 1945–1978 гг. кафедрой организации здравоохранения Минского государственного медицинского университета. Им же была разработана схема взаимосвязи социальных проблем медицины с практикой здравоохранения, которые рассматривались в пяти аспектах: распространенность заболевания в стране; экономический ущерб, нанесенный обществу; социальный генез заболевания; медико-социальные аспекты профилактики; современные формы и методы медицинской помощи.