В это время резко поменялась внешнеполитическая ситуация в Советской России. Началась война с Польшей. Поэтому с советизацией Грузии решили не торопиться. 7 мая 1920 года был заключен мирный договор между РСФСР и Грузией, по которому грузинская коммунистическая партия окончательно легализовывалась, а Россия признавала независимость Грузии. В Тбилиси появилось советское посольство во главе с Сергеем Кировым. Берия возвращается в Азербайджан, получает новые директивы. Теперь он отправляется в Грузию в качестве дипкурьера. И уже на границе становится причиной международного скандала.
Берию задерживают грузинские пограничники, обыскивают и находят при нем секретное удостоверение на шелку о том, что он сотрудник Регистрода 11-й армии. На удостоверении подпись начальника Регистрода Пунке. Эта история известна со слов бывшего резидента Разведуправления Кавказского фронта Иосифа Нечаева. Нечаев считал это происшествие на границе крайне подозрительным: «Материалы об аресте Берии появились в грузинских газетах. Это было актом политической диверсии, рассчитанной на компрометацию Советской России, которая, только недавно установив дипломатические отношения с правительством Грузии, одновременно ведет против него подрывную работу, засылая в Грузию своих военных агентов. Учитывая, что других подобных случаев широкого оповещения поимки советского агента тогда не было, хотя фактически в руки грузинской разведки попадали наши товарищи, можно с основанием предположить, что все это имело явно преднамеренный характер. И в этом случае такая полная расшифровка могла иметь место только со „своим“ для меньшевистской разведки человеком».
После ареста Берия попал в Кутаисскую тюрьму. Но пробыл он там недолго. Все же Лаврентий числился советским дипломатическим сотрудником. В Кутаиси Берия, по его словам, принял участие в голодовке протеста, что опровергалось показаниями других заключенных коммунистов. В 1953 году Берия уверял, что в голодовке он участвовал активно, но до окончания ее он заболел, и его перевели в тюремную больницу.
Грузия не хотела портить отношения с могущественной Россией и в конце концов Лаврентий Павлович был освобожден и выслан обратно в Азербайджан. Любопытно, что по прибытии в Баку органы военной разведки он покинул навсегда. Однако очевидно, что сомнительные итоги деятельности разведчика Берии за кордоном никак не подорвали его репутацию. Он тут же устроился на важный пост управляющего делами ЦК Азербайджана. Впрочем, тогда же, в 1920 году, Берия был задержан Азербайджанской ЧК, но провел в тюрьме только несколько часов, выйдя по ходатайству видного большевика Вано Стуруа. Причины ареста не ясны, Берия объяснял его случайностью, сказав, что чекисты перед ним извинились.