В 1924 году Киевская духовная академия была закрыта, а в 1934 году власти начали разрушать храм Николы Доброго. Еще в 1931 году о. Александр Глаголев был арестован в первый раз. Полгода священника продержали в Лукьяновской тюрьме, однако выпустили за отсутствием улик. Вторично его посадили в 1937 году, инкриминировав ему «активное участие в антисоветской фашистской организации церковников». Вот что вспоминала М.А. Глаголева-Пальян:
«В 1937 году полностью сбылось предсказание Ф.М. Достоевского: «Если Бога нет – все дозволено». 17 октября 1937 года арестовали (17 ноября 1937 года расстреляли) священника Михаила Едлинского, друга дедушки, который служил в Набережно-Никольской церкви с дедушкой вплоть до ареста». А в ночь с 19 на 20 октября 1937 года, еще до рассвета, «черный ворон» подкатил к жилищу Александра Глаголева. «Мама, – продолжает Магдалина Алексеевна, – по всем инстанциям ходила сама, всюду называя себя дочерью о. Александра Глаголева. С ночи записывалась на прием к следователю, прокурору. Выстаивала в очередях для посылки денег. Это тоже являлось тестом: если деньги в тюрьме принимают, значит, человек еще находится здесь, на месте.
В конце ноября 1937 года, дождавшись своей очереди у следователя, мама услышала:
– Он… умер.
– Когда, как?
– Разговор окончен.
Мы пережили смерть дедушки. Ходили за утешением и заочным погребением к дедушкиному другу – архиепископу Антонию Абашидзе, жившему на Кловском спуске в маленькой хибарке. Он когда-то преподавал в Тифлисской семинарии и был учителем Сталина. Может быть, поэтому его не тронули». А далее появилась надежда. А вдруг священник жив? Ведь когда Татьяна Павловна попробовала передать деньги в тюрьму, их приняли. Затеплилась надежда. А вскоре по большому доверию ей сообщили о том, что Глаголев «скоро будет послан по этапу, можно передать теплые вещи». Вещи приняли… «Мама, – пишет Магдалина Глаголева-Пальян, – снова записывается к тому следователю, который сказал о дедушкиной смерти. Прием ведет другой. Отвечает: «Находится под следствием».
– А когда принимает товарищ такой-то? – мама называет фамилию.
– Он не работает.
– Что, в отпуске?
– Нет, он враг народа.
Папа ночами ходил на Лукьяновское кладбище. Из тюрьмы туда вывозили трупы в грузовиках, открывали борт машины и сбрасывали тела в общую могилу. Там папа предполагал узнать дедушку. Только в 1944 году в Москве маме ответили официально, что А.А. Глаголев умер 25.11.37 года от уремии и сердечной недостаточности. Так служба НКВД всячески пыталась скрыть следы своего преступления.