В эпоху иконоборчества во Влахернском храме проходил последний Иконоборческий собор. Все мозаики храма с ликами святых были в этот период заменены на абстрактные изображения с растительным орнаментом. Но позднее вся блистательная мозаика со священными сюжетами была восстановлена.
После сильного пожара 1070 г. храм был практически уничтожен, но святыни спасены. Церковь на этом месте выстраивается новая. После завоевания Константинополя крестоносцами и образования Латинской империи храм пришел в упадок, а чудеса неожиданно прекратились. Никейский император Иоанн III Дука Ватац (1221–1254) выкупил храм у латинян, но прежнего блеска храм уже больше не достиг.
В 1434 г. Влахернская церковь вновь была охвачена сильным пожаром, после которого происходят значительные обрушения в здании. После пожара местонахождение Ризы теряется, лишь драгоценные частицы Ее находятся сегодня в разных странах. Частицы Ризы Богоматери будут принесены и в Россию. Уже в XIV в. в реликварии великих московских князей появилась первая частичка («ковчег Дионисия»). Другая частичка появилась в XVII в. стараниями князя Василия Голицына и хранилась в Успенском соборе Московского Кремля. В 2008 г. частица Ризы была передана Патриархии и хранится ныне в храме Христа Спасителя.
Восстановления Влахернского храма больше не последовало.
Здесь стоял еще один небольшой храм, где хранилась известная святыня – образ Богоматери, с которым связано было также немало чудесных явлений.
Предание связывает Влахернскую икону с чудотворным образом Божией Матери (Одигитрии), написанным евангелистом Лукою. По другой версии она была исполнена в Никомидии, во время гонений на христиан в начале IV в. римских императоров Диоклетиана и Максимиана. Собрав прах святых никомедийских мучеников за веру и смешав с воском, была вылеплена икона в древней технике воскомастики. Этот образ в V в. и был прислан из Иерусалима в Царьград императрицей Евдокией, женой императора Феодосия, прожившей многие годы на Святой Земле. Икона была помещена в храме, где находились путевые иконы византийских императоров, сопровождавшие их в военных походах. Иерусалимская святыня заняла достойное место среди выносных образов как главная защитница при всех народных бедствиях.
Храмовой иконе приписывалось неоднократное спасение столицы во время нескольких осад. Известен случай, когда во время осады города аварами в 626 г. вождю нападавших была явлена на стенах города женщина в драгоценном уборе, которая привела его в полный испуг. Именно в это время патриарх Сергий проносил по стенам знаменитую чудотворную икону.