Во время допросов арестованных заговорщиков, в которых принимал непосредственное участие сотрудник Особого отдела Московской Чрезвычайной комиссии, будущий начальник внешней разведки
Соломон Могилевский, выяснилось также, что они были тесно связаны с резидентом британской разведки в Петрограде Полом Дюксом, через которого информация уходила в Лондон и Париж и который подписывал свои донесения псевдонимом ST-25.
Перед чекистами встала задача обезвредить контрреволюционный заговор. Они знали, что создан штаб Добровольческой армии Московского района. Его возглавил бывший генерал-лейтенант Н.Н. Стогов. Срок выступления был намечен на 21 сентября 1919 года, когда войска Деникина подойдут к Туле. Генерал Деникин планировал взять Москву до зимы и уже заготовил «Приказ № 1» о расстрелах большевиков и «Воззвание к населению Москвы».
18 сентября началась операция по ликвидации контрреволюционного заговора. 23 сентября газета «Известия» опубликовала обращение ВЧК ко всем гражданам страны по поводу разгрома «Национального центра» и привела список 67 главных заговорщиков. В общей сложности чекисты при поддержке красноармейцев арестовали около 700 участников контрреволюционных организаций.
В особом отделе Гомельской ЧК
Особый отдел ВЧК был образован в декабре 1918 года под руководством видного революционера Михаила Кедрова. Подчиненные ему особые отделы создавались при всех фронтах, армиях, дивизиях, а также в ряде губернских ЧК. Они занимались выявлением вражеской агентуры в Красной Армии, в ее штабах, на фронтах и в тылу, борьбой с саботажем и диверсиями на железных дорогах, в продовольственных и других организациях, имевших отношение к обороне республики. Поскольку в годы Гражданской войны советское правительство привлекло на службу в Красную Армию до сорока тысяч бывших царских генералов и офицеров, среди которых оказалось немало белогвардейских агентов, сотрудники особых отделов выявляли их, тайно внедряясь в штабы Красной Армии и вербуя осведомителей в армейских частях. Об их принадлежности к особым отделам знал ограниченный круг лиц.
Сотрудники особых отделов вели также разведку за линией фронта и в ближайшем тылу, внедряясь в белогвардейские организации и в штабы армий интервентов, так как в тот период в ВЧК еще не было Иностранного отдела. Особисты входили в состав военных трибуналов РККА, рассматривавших дела об измене и вредительстве, а также «в отношении всех преступлений, направленных против военной безопасности Республики».