Следствие выявило, что Башкина завербовали выходцы из Литвы, аптекарь Матюшка и Андрюшка Сутеев. В секте состояли Иван и Григорий Борисовы-Бороздины, монах Белобаев, они были связаны с рязанским епископом Кассианом. Впрочем, весьма интересными представляются и другие связи. Борисовы-Бороздины являлись родными братьями Ефросиньи Старицкой, приходились дядями Владимиру Андреевичу, поддерживали его во время бунта. Судя по всему, на их стороне был и Башкин. Кроме того, он был близок к Адашеву и Шуйским, они вместе выступали поручителями за князя Турунтая-Пронского, пытавшегося сбежать в Литву.
Осенью 1553 г. состоялся Освященный собор. Башкин то ли симулировал сумасшествие, то ли действительно впал в прострацию, плел околесицу. Впрочем, Иван IV даже к еретикам проявил милосердие (против смертной казни выступал и его наставник Сильвестр). Всем сохранили жизнь, разослали по монастырям. А престарелого епископа Кассиана, которого разбил паралич, вообще оставили в покое. Однако на процессе Башкин проговорился, что видным наставником «жидовствующих» являлся Артемий Пустынник. Тот самый «старец», которого Сильвестр навязывал царю в качестве «учителя»!
Как стало известно, уйдя в Порфирьев монастырь, он успел создать там общину еретиков. От нее отпочковалась группа Феодосия Косого, понесла заразу в Новоезерский монастырь. Когда Артемия вызвали на Собор, он вел себя довольно независимо, отвечал уклончиво. Но после первого допроса попытался сбежать из Москвы. Его задержали и взялись уже более строго. Открылось, что он искажал учение о Святой Троице, о загробной жизни, даже был повинен в каких-то «блудных грехах» (может быть, гомосексуализме). В январе 1554 г. Артемия отлучили от церкви и сослали на вечное заточение в Соловецкий монастырь.
А в Москву вслед за ним доставили еретиков из Порфирьева и Новоезерского монастырей. Тут уж выявили «полный набор». Феодосий Косой считал Христа не Богом, а лишь «наставником», утверждал, что мир существует «безначально», живые существа «самобытны», а за Богом оставил лишь функции художника, «подновляющего» мир. Не признавались Святые Таинства, церковь называлась «кумирницей». Отрицались святые, монашество, даже само христианство. Доказывалось, что «все веры в всех землях одинаковы». И царство отрицалось! Управлять людьми и заменять церковь должны были «соборы верных» – таких, как сам Феодосий и Артемий.