Брейер (четырнадцатью годами старше Фрейда), также еврей, поступил на медицинский факультет Венского университета в 1859 году. Его учителями стали Рокитанский и Шкода, а также Брюкке. После университета Брейер получил должность научного ассистента на медицинском факультете. Брейер прославился, совершив два открытия мирового значения: он установил, что полукружные каналы внутреннего уха представляют собой орган равновесия и что дыхательные движения управляются рефлекторно через блуждающий нерв (рефлекс Геринга – Брейера). Но на младшего коллегу наибольшее впечатление произвело третье открытие Брейера, благодаря которому и началась вторая фаза развития идей Фрейда. Брейер сделал это открытие, работая с пациенткой, вошедшей в историю под псевдонимом Анна О. Именно этот случай побудил Брейера и Фрейда избрать путь, позволивший им внести фундаментальный вклад в развитие венской медицинской школы. Брейер и Фрейд открыли клиническое значение бессознательных процессов, внутренних конфликтов как одну из возможных причин симптомов психических расстройств и возможность облегчать эти симптомы, доводя неосознанные воспоминания об их скрытой причине до сознания пациента.
Психоанализ, в основу которого легли совместные работы Брейера и Фрейда, получил развитие в собственных трудах Фрейда как динамическая интроспективная психология (а из нее выросла современная когнитивная психология). Впрочем, психоанализ страдал серьезным недостатком: он не был эмпирической дисциплиной, то есть не предполагал экспериментальной проверки идей и выводов. Поэтому не удивительно, что во многом теория Фрейда впоследствии не подтвердилась, а некоторые положения теоретического психоанализа до сих пор остаются непроверенными.
Тем не менее три идеи Фрейда из числа ключевых выдержали проверку временем и легли в основу современной науки о мозге. Согласно первой, наша психическая жизнь, в том числе эмоциональная, состоит преимущественно из бессознательных процессов, а сознанию в любой момент доступна лишь малая доля психики. Согласно второй идее, инстинкты агрессивного и полового поведения, подобно инстинктам питания и утоления жажды, составляют неотъемлемую часть психики и запечатлены в геноме, проявляясь уже на ранних этапах жизни. Согласно третьей идее, нормальная психическая жизнь и расстройства психики образуют непрерывный ряд, и психические расстройства часто представляют собой лишь крайние формы нормальных психических процессов.