Таможенный кодекс Таможенного союза предусматривает новые формы таможенного контроля по сравнению с формами, установленными в Таможенном кодексе Российской Федерации, а именно учет товаров, находящихся под таможенным контролем, и проверку системы учета товаров и отчетности. Кроме того, ТК ТС содержит статьи о порядке задержания товаров и документов на них при проведении таможенного контроля. В Таможенном кодексе РФ аналогичных норм не было. В частности, в случаях, установленных ст. 152, 170, 185, 192, 208, 231, 234, 305 и 354 ТК ТС, должностные лица таможенных органов задерживают товары и документы на них, которые не являются предметами административных правонарушений или преступлений. Задержанные товары и документы на них хранятся таможенными органами в течение одного месяца, а скоропортящиеся продукты – в течение 24 час. Товары, запрещенные к ввозу на таможенную территорию Таможенного союза или вывозу за пределы такой территории, и документы на них хранятся таможенными органами в течение трех суток. Последующие процедуры описаны в гл. 21 ТК ТС.
Введена статья «Отказ в выпуске товаров» (ст. 201 ТК ТС), в соответствии с которой при несоблюдении условий выпуска товаров, установленных п. 1 ст. 195 ТК ТС, а также в случаях, указанных в п. 6 ст. 193 и п. 2 ст. 201 ТК ТС, таможенный орган не позднее истечения срока выпуска товаров может отказать в выпуске товаров в письменной форме с указанием всех причин, послуживших основанием для такого отказа, и рекомендаций по их устранению.
Увеличен срок уплаты ввозных таможенных пошлин, налогов. Так, согласно п. 3 ст. 211 ТК ТС, в отношении товаров, помещаемых под таможенную процедуру выпуска для внутреннего потребления, срок уплаты – до выпуска товаров в соответствии с таможенной процедурой выпуска для внутреннего потребления. При этом срок временного хранения товаров не изменился и, как прежде, составляет два месяца. Добавим, что по письменному обращению лица, обладающего полномочиями в отношении товаров, или его представителя таможенный орган может продлить указанный срок, но не более чем до четырех месяцев. Таким образом, срок уплаты таможенных пошлин, налогов с принятием ТК ТС значительно увеличился: с 15 дней до четырех месяцев (п. 1,2 ст. 170 ТК ТС). К сроку временного хранения в п. 1 ст. 185 ТК ТС приравнен и срок подачи таможенной декларации.