Так как монастырь пользовался расположением царя, то ему определили ругу, то есть жалованье: «Руги хлебныя по двенадцати четвертей ржи и овса, да денежные руги по два рубли, да по два пуда соли, да по осетру рыбы, да по полуосмине гороху, да по полуосмине конопель старице на год». При Петре I монахини были вынуждены заняться полезным трудом – царь не любил бездельников и заставил их изучить прядильное дело, которым они занимались и позднее, а также призревали офицеров и солдат-ветеранов. Так, например, сообщалось, что в монастыре жил морского флота прапорщик Данило Петров 57 лет, который «имеет три раны, рукоделия никакого не имеет, от ран в голове имеет шум и стрельбу, в животе резь и чахотку».
В 1696 г. стольник Андрей Леонтьевич Римский-Корсаков, чей дом находился рядом с монастырем, построил надвратную церковь во имя Спаса Нерукотворного Образа (ее адрес – 2-й Зачатьевский переулок, 2), которая многие годы считалась как бы домовой у Римских-Корсаковых, но после долгих препирательств и разборов монастырских претензий на право отправлять службы (и получать деньги) в этой церкви ее все-таки отобрали у Римских-Корсаковых и передали в монастырское ведение.
В 1765 г. А.М. Аничкова получила разрешение построить на свои средства церковь Неопалимой Купины на месте старинного здания, где жили основательницы монастыря. К началу XIX столетия монастырь получил средства для строительства нового большого собора, и в 1805 г. началось возведение огромного храма в псевдоготическом стиле архитекторами отцом и сыном Казаковыми – Матвеем Федоровичем и Матвеем Матвеевичем, строительство закончили в 1807 г., но отделка храма была отложена из-за войны 1812 г. и закончена лишь через два года. Последней, возведенной в Зачатьевском монастыре, была больничная церковь Сошествия св. Духа, выстроенная в 1844–1850 гг. на средства полковницы В.М. Головиной архитектором М.Д. Быковским (восстановлена в 2004 г.).
Зачатьевский монастырь упоминается Буниным в его рассказе «Чистый понедельник»: «Недавно я ходила в Зачатьевский монастырь – вы представить себе не можете, до чего дивно поют там стихиры!»
Монастырь, в храме которого 16 марта 1925 г., за 9 дней до кончины, служил свою последнюю литургию патриарх Тихон, был закрыт, и многие его строения обращены в «трудкоммуну для беспризорных», впоследствии в них помещались различные учреждения. В 1933–1934 гг. главный собор снесли и на его месте построили стандартное здание школы. На территории сохранились некоторые постройки: при входе в монастырские ворота с правой стороны стоит здание настоятельских покоев, с левой – кельи, к западу – здание трапезной с больничной церковью, а вокруг еще остались стены монастыря, для возведения которых использовался камень от разобранной древней церкви Николы, что в Киевцах. Многие строения теперь отремонтированы, в церквах проходят службы. В 2006 г. Синод одобрил проект строительства Рождественского монастырского собора, который освятили в ноябре 2010 г.