В семнадцатом столетии, в связи с возникновением математизированного естествознания и связанной с ним механистической модели мира, – существенным образом меняются представления о природе и свойствах человеческой души. В учениях о душе все более преобладает натурализм и механицизм (Т. Гоббс, Б. Спиноза, Д. Гартли, Дж. Пристли, Ж. Ламетри и др.). Душа уподобляется некой «психической машине» (Д. Гартли, Ж. Ламетри), а также обособляется Декартом в некую замкнутую в себе «сферу» – в связи с чем возникает неразрешимая проблема существования «вещи в себе» за пределами сознания. Таким образом, характерная особенность учений о душе философии Нового Времени – это, помимо натурализма и механицизма, также и предельное заострение субъект-объектной проблемы, утрата идеи органичной связи души с надындивидуальной мироосновой.
Другая крупная потеря – это утрата платоновской интуиции «сверхчувственного». В результате душа мыслится философами 17 —18 веков как своего рода «сцена», наполненная преходящими, непрерывно сменяющими друг друга «впечатлениями» и «представлениями» (Дж. Локк, Дж. Беркли, Д. Юм и др.). Эта «сцена» лишена какой-либо «глубины» (смысла, контекста), отсутствует реальная связь между сменяющими друг друга дискретными психическими феноменами (т.н. «психологический атомизм»). Так, Д. Юм не находил в душе ничего, кроме единичных, обособленных друг от друга «перцепций» и представлений, причем последние мыслились им как «ослабленные копии» перцепций. Утрачивается также интуиция «сверхвременности» души – в результате ставится под сомнение тождество «Я» (а, следовательно, и само существование «Я» (Д. Юм)) и реальное единство души во времени. Душа, по Юму, в каждый момент времени – это лишь «пучок ощущений», сменяемый в следующий момент другим «пучком ощущений».
Можно отметить, однако, и ряд позитивных достижений философии Нового Времени. Это введение Дж. Локком понятия о «рефлексии» («наблюдение ума за собственной деятельностью»), открытие Г. В. Лейбницем «бессознательного» психического содержания, его же учение об «апперцепции» (восприятии с пониманием) и его представление о душе, как о «монаде», в которой «в свернутой форме» представлен Универсум, данный, однако, в каждой монаде в определенной индивидуальной перспективе. Лейбниц вообще один из немногих философов-классиков, в построениях которого важную роль играли идеи себетождественности и уникальности индивидуального «Я».