В свете сложившейся ситуации партизаны перешли к новой тактике, с которой американцы никогда еще не сталкивались. Филиппинцы устраивали западни и ловушки со взрывчатками, перерезали глотки врагам, занимались поджогами, травили и калечили пленников. Американцы, среди которых встречались ветераны войн с индейцами, отвечали тем же. Когда две роты под командованием генерала Ллойда Уитона попали в засаду на юго-востоке от Манилы, Уитон приказал уничтожить все поселения и убить всех жителей в радиусе двенадцати миль.
Во время первой половины Филиппинской войны американские командиры ввели цензуру для корреспондентов, чтобы новости о подобных инцидентах не просочились в газеты США. Лишь когда в 1901 году цензуру отменили, простые американцы узнали, как протекает война. На страницах прессы стали появляться заметки, подобно той, что написал в начале 1901 года корреспондент «Philadelphia Ledger»:
«Нынешняя война отнюдь не похожа на бескровную постановку. Наши парни безжалостны и неумолимы. Они уничтожают мужчин, женщин, детей, пленных, действующих мятежников и просто подозреваемых, ребят от десяти лет и старше. В умах закрепилась мысль, что филиппинец подобен псу или гадкой скотине и лучше ему просто-напросто сдохнуть в мусорной куче. Наши солдаты заливают соленую воду в рот людям, чтобы заставить их говорить, берут в плен тех, кто поднимает руки и мирно сдается, а час спустя, без даже крупицы доказательств, что они вообще связаны с мятежом, выставляют их в ряд на мосту и расстреливают одного за другим. Трупы падают в реку и плывут по течению в назидание тем, кто найдет эти нашпигованные пулями тела».
Переломным моментом стало двадцать третье марта 1901 года, когда тридцатишестилетний бригадный генерал Фредерик Фанстон провел самую смелую противопартизанскую операцию в военной истории Америки. Фанстон, три года назад получивший почетный орден на Кубе, командовал военным округом на острове Лусон. От перехваченного курьера он узнал, что Агинальдо разбил лагерь в деревне неподалеку. Фанстону пришел в голову план: использовать группу филиппинских разведчиков, чтобы те проникли в деревню и пленили Агинальдо. Разведчики принадлежали к племени макабебе, что считали себя врагами тагалов, которыми были многие повстанцы, включая Агинальдо.