«Таганрогскую крепость и цитадель, – доносил царю в сентябре 1712 года Ф. М. Апраксин. – турки до основания разоряют». А затем 24 долгих года Приазовье находится под властью турок. Если Азов они еще по старой памяти старались укреплять, то чуждый им Таганрог полностью ими заброшен. Лишь в ходе очередной русско-турецкой войны в 1736—39 годы в царствование Анны Иоанновны после четырехмесячной осады Азов был вновь взят фельдмаршалом Минихом. Отходят к России и остатки Таганрога. И сразу же начинается его восстановление. Но только недолго длилась радость возвращения: после заключения союзником России – Австрией предательского сепаратного мира с турками все восстановленные укрепления вновь приходится уничтожать, хотя эта территория и остается за Россией. И только после победоносной войны 1768—1774 годов, уже в эпоху Екатерины Великой, Россия возвращает себе эту землю окончательно. Троицкую крепость быстро восстанавливают на старых фундаментах, а гавань становится базой для Азовской флотилии. В соответствующем указе (ноябрь 1769 года) Екатерина II пишет: «Таганрогскую гавань отдаем мы совсем в ведомство вице-адмирала Сенявина с тем, чтобы оную поставить в такое состояние, чтоб она могла служить убежищем судам, так и для построения оных, а тем паче галер и других судов… и чтоб в будущую кампанию 1770 года флотилия во оной уже зимовать могла…».
Восстановление Азова и Троицкой крепости поручается генерал-поручику Фридриху Вернесу. Правда, теперь Троицкую крепость больше величают Таганрогской крепостью или Таганрогом. Воссоздается и крепостной Петровский вал со рвом да с двумя крепостями – на Петрушиной косе и Павловской на лимане, а также с дополнительным редутом посредине. Вдоль вала расселяют 500 семей донских казаков, составивших Таганрогский казачий полк под командованием полковника Якова Ханженкова.
Первым комендантом Таганрогской крепости становится бригадир Иван Петрович де Жедерас. В конце апреля 1771 года адмирал А. Н. Сенявин сообщает президенту Адмиралтейской коллегии графу И. Г. Чернышеву: «При всей моей скуке и досаде, что флот еще не готов, Ваше сиятельство, вообразите мое удовольствие видеть с 87-футовой высоты стоящие перед гаванью (Да где ж? В Таганроге!) суда под военным российским императорским флагом, чего со времени Петра Великого… здесь не видали».