В день назначения А.Н. Шелепина Председателем КГБ при СМ СССР 25 декабря 1958 г. произошло еще одно событие, имевшее важнейшее значение для функционирования этого ведомства: Верховным Советом СССР были приняты Основы уголовного законодательства и Основы уголовного судопроизводства Союза ССР и союзных республик.
Первый из названных документов, ставший основой для разработки новых уголовных и уголовно-процессуальных кодексов союзных республик СССР, вводил понятие и систему особо опасных и иных государственных преступлений. Статья 28 Основ уголовного судопроизводства СССР определяла подследственность уголовных дел по особо опасным и иным государственным преступлениям следственным подразделениям КГБ СССР. Непосредственно компетенция КГБ в сфере правоприменения определялась уголовными и уголовно-процессуальными кодексами союзных республик СССР (новые Уголовные кодексы были введены в действие с 1 января 1961 г.). В соответствии со статьей 126 УПК РСФСР 1960 г. к компетенции (подследственности) органов КГБ были отнесены 18 составов преступлений, предусмотренных Уголовным кодексом РСФСР. В том числе: измена Родине (статья 64 УК РСФСР), шпионаж (ст. 65), террористический акт (статьи 66 и 67), диверсия (ст. 68), антисоветская агитация и пропаганда (ст. 70), организационная антисоветская деятельность (ст. 72), вредительство (ст. 73), разглашение государственной тайны (ст. 75) и утрата документов, содержащих государственную тайну (ст.76), контрабанда (ст.78) массовые беспорядки (ст.79), незаконный переход государственной границы (ст. 83), незаконные валютные операции (ст. 88). И еще по 15 составам преступлений была предусмотрена альтернативная подследственность совместно с органами прокуратуры.
Еще одной чрезвычайно важной новацией для деятельности органов государственной безопасности стало утверждение 9 января 1959 г. Советом министров и ЦК КПСС Положения о Комитете государственной безопасности при Совете Министров СССР и его органах на местах, ставшее основным нормативно-правовым документом до принятия 16 мая 1991 г. закона «Об органах государственной безопасности СССР».
Данное Положение, имевшее гриф «Совершенно секретно», в частности, гласило:
«1. Комитет государственной безопасности при Совете Министров СССР и его органы на местах являются политическими органами, осуществляющими мероприятия Центрального Комитета партии и Правительства по защите Социалистического государства от посягательств со стороны внешних и внутренних врагов, а также по охране государственной границы СССР. Они призваны бдительно следить за тайными происками врагов советской страны, разоблачать их замыслы, пресекать преступную деятельность империалистических разведок против Советского государства….