Потребность в организации вооружённых сил ставила московских князей в необходимость идти на большие уступки казакам и ставить казачьи войска, принимаемые на службу, в исключительные условия. Казачьи войска на службе московского князя сохраняли внутреннее войсковое устройство. Весь командный состав ставился, по установившемуся обычаю, самими казаками; военное обучение и тактика также сохранились привычные казакам. В быту казаки тоже сохраняли полную автономию.
* * *
Одним из трудноразрешимых вопросов при переходе казаков на службу князей было их содержание. Земельные наделы не могли удовлетворять казаков, так как они земледелием не занимались, оно отвлекало бы их от их прямого назначения – военного дела. Постепенно в решении этого вопроса нашёлся компромисс. Казачьи части, поступавшие на службу московского князя, превращались в полки, внутренняя организация которых не менялась. Каждый полк получал земельный надел и жалованье. Служба в полках была наследственной. Казаки пользовались многими материальными и политическими привилегиями, сохраняли право выбора начальников, за исключением самого старшего, который назначался князьями. Принимая эти условия службы, казачьи полки теряли своё название «полков казачьих» и превращались первоначально в части «пищальников», а потом в «полки стрелецкие», а их начальники получили название «стрелецкий голова». Стрельцы на службу князю приносили присягу. Стрелецкие полки – это была первая и одна из лучших организаций нарочитых войск московского государства.
Состав постоянных войск, кроме казаков и боярских детей, стал пополняться ещё одной категорией – дворян. Дворянами назывались слуги княжеского двора и состояли из вольных и несвободных, но, получая от князя земли, они превращались в «вольных» и использовались для формирования войсковых частей. Они по разряду стояли ниже боярских детей и получали меньшие наделы земли.
С развитием вооружённых сил Московского государства развивались и административные учреждения, возникли иноземный, посольский, стрелецкий и другие приказы, ведавшие различными направлениями государственной деятельности. В стрелецком приказе находились дела, касавшиеся стрелецких войск и войск боярских детей, в посольском были дела, касавшиеся казачьих войск.
К концу княжения Василия Иоанновича III (к 1533 году) положение казачьих войск окончательно определилось. Значительная часть их влилась в состав московских владений. Войска вне пределов московских владений были совершенно независимы от Москвы.