Исмаил родился в 849 г., в Фергане, но о его прежней жизни до прибытия в Бухару ничего не известно. Источники сообщают, что поскольку Исмаил пришел без войска, то он вряд ли пожелал бы войти в город без твердых заверений в поддержке знатных горожан. Как только с этим было улажено, Исмаил, к радости жителей, вошел в город и принял власть на себя. Это случилось в конце 874 или в начале 875 г. Наконец-то Бухара обрела достойного правителя.
Исмаила сопровождал в Бухару народ, осыпавший его монетами – древний обычай, доживший даже до более поздних времен московских государей. В тот же год прихода Исмаила в Бухару его брат, Наср, получил от халифа Багдада ярлык, назначавший его на должность наместника всей Трансоксианы. Имена Исмаила и Насра упоминались, наряду с именем халифа, во время всеобщих намазов в Бухаре – исключительное право, обычно предназначенное лишь для халифа.
Исмаилу пришлось усмирить несколько шаек грабителей в Бухарском оазисе, а затем отразить вторжение в оазис некоего Хусаина ибн Тахира, возможно того самого, что упоминался выше. Его власть и влияние понемногу росли, однако среди прочих задач ему необходимо было привлечь на свою сторону аристократию, возглавляемую Абу Мухаммедом Бухар-худа. Прибегнув к хитрой уловке, он отправил их в Самарканд к своему брату, который держал бухарцев под стражей, пока Исмаил укреплял свои позиции. Затем они вернулись в Бухару, где Исмаил радушно встретил аристократов и заручился их поддержкой.
Между братьями возникла ссора, возможно из-за суммы налогов, которые Исмаил должен был отправлять каждый год в Самарканд. Как бы там ни было, в 885 г. вспыхнула гражданская война, и поначалу верх одерживал Наср, поскольку Исмаилу даже пришлось оставить Бухару. Нет необходимости рассматривать ход этой борьбы, включая и первое примирение между братьями, за которым последовала дальнейшая вражда. В 888 г. Исмаил победил в сражении и взял своего брата Насра в плен. Обращение с Насром Исмаила записано в истории, дабы показать великодушие характера последнего. Повествование сообщает, что, когда Исмаил встретился со старшим братом, он спешился и поклонился, прося прощения за свои грехи и ошибки. Затем отправил Насра в Самарканд, оставив его главой рода Саманидов и наместником Трансоксианы. Наср был тронут таким отношением, а Исмаил заслужил вошедшую в историю репутацию доброго и чуткого правителя. В 892 г., после объявления Исмаила своим преемником и передачи на его попечение своей семьи, Наср скончался.