А. И. Бутаков одним из первых перевел роман Ч. Диккенса «Домби и сын» («Отечественные записки», 1847, №9—12; 1848, №1, 7—8), – перевод был отмечен В. Г. Белинским.
В 1848 г. А. И. Бутаков был назначен начальником экспедиции по исследованию Аральского моря, подготовительная работа к которой проводилась в Оренбурге. За привлечение к участию в экспедиции в качестве живописца поэта и художника Т. Г. Шевченко, сосланного в Оренбург с запретом Николая I «писать и рисовать», ученый попал в опалу.
В Оренбурге была построена шхуна «Константин». После издания в 1850 г. карты Аральского моря А. Бутаков был командирован в Швецию для заказа двух судов для Аральской флотилии. В 1852 году пароходы «Перовский» и «Обручев» в разобранном виде были доставлены в укрепление Раим. Пароход «Перовский» участвовал во взятии кокандской крепости Ак-Мечеть.
В 1858 году на пароходе «Перовский» (уже после смерти В. А. Перовского) А. И. Бутаков поднялся по Аму-Дарье вверх до Кунграда, проводя обследование реки и в то же время оказывая содействие российскому посольству в Хиве.
Позже он опубликовал статьи о Средней Азии, о Хивинском, Кокандском и Бухарском ханствах – «Эпизод из современной истории Средней Азии» («Отечественные записки», 1865, №11), «Дельта и устья реки Амударьи» («Отечественные записки», 1866, №1) и др.
В Кокандском походе участвовал и востоковед Василий Васильевич Григорьев (1816 – 1881), публицист, автор воспоминаний о встрече с Пушкиным в 1834 г. у П. А. Плетнева (Григорьев В. В. История Санкт-Петербургского университета. СПб., 1870). Он приехал в Оренбург в 1851 году по приглашению В. А. Перовского, стал начальником Пограничной комиссии (своеобразный филиал Министерства иностранных дел), занимавшейся делами по сношению с ханствами и управлению киргизами. Десятилетняя служба в Оренбурге, научные занятия позволили В. В. Григорьеву (знавшему монгольский язык, написавшему диссертацию о Золотой орде) напечатать ряд статей о Туркестанском крае, из которых особенно выделяется статья «О некоторых событиях в Бухаре, Коканде и Кашгаре: записки мирзы Шемса Бухари», где, кроме исторических сведений, представлено таджикское наречие. Некоторые статьи В. Григорьева о Средней Азии были переведены на английский язык Скайлером. За работы о Туркестанском крае В. В. Григорьев получил звание академика.