В 2000 г. состоялась премьера криминального сериала «Бандитский Петербург», а через три года на телеэкраны вышел многосерийный телевизионный фильм «Идиот» (2003), снятый по мотивам романа Федора Михайловича Достоевского. Фильм был удостоен многих профессиональных наград, включая кинопремию «Золотой Орел» в трех номинациях и премию «ТЭФИ» в 7 номинациях.
Следующая работа режиссера – сериал по роману Михаила Булгакова «Мастер и Маргарита» (2005), отмеченный Специальным призом жюри на МКФ Биарриц (Франция, 2007), а также Призом в номинации «Лучший телесериал» на Российском кинофестивале «Виват кино России» (Санкт-Петербург, 2006).
В 2009 г. на экраны страны вышел фильм «Тарас Бульба» по произведению Николая Гоголя, автором сценария которого был Владимир Бортко. Он также написал сценарии к своим фильмам «Мастер и Маргарита», «Идиот», «Бандитский Петербург», «Цирк сгорел и клоуны разбежались», «Единожды солгав» и был продюсером фильмов «Мастер и Маргарита», «Идиот», «Легенда о Тампуке», «Честь имею».
В 2011 г. телеканал «Россия» показал 4-серийный фильм Владимира Бортко «Петр Первый. Завещание» по роману Даниила Гранина.
Бортко пробовал себя и в качестве театрального режиссера. В 1993 г. на сцене Эрмитажного театра (Санкт-Петербург) он поставил спектакль «Царь Эдип». В 2010 г. в петербургском Театре-фестивале «Балтийский дом» состоялась премьера спектакля «Молот ведьм» в его постановке.
В 1989–1992 гг. Владимир Бортко был председателем правления Санкт-Петербургского отделения Союза кинематографистов.
С 1991 г. он является генеральным директором ЗАО «Студия 2-Б-2 интертэймент»; профессором Петербургского университета кино и телевидения.
С 2003 г. действительный член Национальной Академии кинематографических искусств и наук; с 2004 г. – член Академии Российского телевидения.
Владимир Бортко – Народный артист России (2000), Народный артист Украины (2003), лауреат Государственной премии РСФСР (за телефильм «Собачье сердце», 1990), кавалер ордена Почета (2006).
Лауреат всесоюзных, всероссийских и международных кино – и телефестивалей.
Лауреат Национальной телевизионной премии «ТЭФИ» (2003, 2004, 2006), Национальной премии «Золотой орел» (2004), Премии Александра Солженицына (2004).
Русским биографическим институтом назван «Человеком года – 2003» и «Человеком года – 2005» в России.