Принцип разделения государственной власти на законодательную, исполнительную и судебную конкретизируется в главах и статьях Конституции, определяющих полномочия и характер взаимодействия Президента РФ, Федерального Собрания РФ и его палат, Правительства РФ и судов Российской Федерации, а также разграничение предметов ведения и полномочий Российской Федерации и ее субъектов в федеральных конституционных и федеральных законах, законах субъектов РФ.
В связи с этим правоприменители должны основывать свои решения не на абстрактной формуле разделения властей, выработанной конституционно-правовой доктриной, а на том видении этого принципа, которое отражено в действующей Конституции, как это установлено более чем в 200 решениях конституционного Суда РФ. Иными словами, закрепленный в ст. 10 Конституции РФ принцип не может быть истолкован в отрыве от положений, содержащихся в последующих главах и статьях Конституции; в свою очередь, последующие положения Конституции не могут быть истолкованы и применены в отрыве от принципа разделения государственной власти и иных принципов конституционного строя, закрепленных в гл. 1 Конституции РФ.
В отличие от ст. 10 Конституции РФ, где имеется указание лишь на одну из сторон рассматриваемого конституционного принципа – самостоятельность органов государственной власти, в подп. «д» п. 1 ст. 1 Федерального закона от 6 октября 1999 г. «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации» определяются цели разделения государственной власти: обеспечение сбалансированности полномочий и исключение сосредоточения всех полномочий или большей их части в ведении одного органа государственной власти либо должностного лица.
Федеративное устройство России предопределяет еще один аспект принципа разделения властей, выводимый из его взаимосвязи с принципом федерализма: раздельное осуществление функций государственной власти на двух уровнях отечественной федеративной системы. Иными словами, принцип разделения государственной власти на законодательную, исполнительную и судебную предопределяет а этом смысле не только организацию государственной власти в субъектах РФ, но и взаимодействие двух уровней единой федеративной системы – Федерации и ее субъектов в лице соответствующих органов. Речь при этом идет не только о разграничении предметов ведения и полномочий Федерации и ее субъектов и об обязанности субъектов РФ при определении организации государственной власти и ее функционирования исходить из указанного принципа, но и о системном единстве государственной власти в Российской Федерации, из которого, если такое единство не сводить к соподчинению образующих указанную систему органов, вытекает признание единства системы народного представительства, единства исполнительной власти и единой судебной системы.