Действующее законодательство о местном самоуправлении содержит еще одну нерешенную проблему о порядке взаимодействия между двумя типами муниципальных образований. С одной стороны, провозглашено, что это не уровни публичной власти, а как бы равные типы муниципальных образований, с другой стороны, создана фактическая бюджетная и иная зависимость поселенческих (внутригородских) муниципальных образований от районных (общегородских) муниципальных образований. Тем самым сформированы уровни муниципальной власти при формальном их юридическом равенстве.
На состоянии проблем местного самоуправления сказываются серьезные дефекты бюджетной системы Российской Федерации. Ее организация предусматривает не только перераспределение денежных средств между местными бюджетами посредством регионального бюджета, но и концентрацию всех излишков на федеральном уровне бюджетной системы. Тем самым снижается потенциал заинтересованности в получении дополнительных доходов для органов местного самоуправления. Органам местного самоуправления проще быть просителем для своего бюджета, нежели стремиться к его увеличению.
В настоящее время заявлено о децентрализации государственного управления, но как это отразится на проблеме развития местного самоуправления, формирования его институционализации – этот вопрос пока остается открытым. Нет ясности в свете проводимых реформ статуса государственных и бюджетных учреждений относительно состояния образования, медицинского обеспечения, сохранения культуры.
Институционализация местного самоуправления, как показатель его «взрослости», требует комплексного подхода, критерием достижения которого является степень участия структур гражданского общества, каждого человека в деятельности муниципальных образований, степень комфортности проживания и жизнедеятельности населения, уровня его занятости, решения социальных проблем. Однако на практике население отчуждено от местной власти, чаще всего безучастно к проблемам местного самоуправления. Институционализация местного самоуправления невозможна без решения политических проблем через реальную децентрализацию системы властных отношений, проведения экономических преобразований с целью формирования реальных отношений конкуренции и защиты национальных интересов в сфере экономики. Также необходимо реформировать бюджетно-налоговые отношения в сторону повышения заинтересованности населения муниципальных образований и их органов власти в увеличении доходов местных бюджетов и создания реальной основы для качественного решения социальных и иных вопросов местного значения.