Внебюджетные фонды составляют относительно новое звено финансовой системы Российской Федерации. Они сформировались в начале 90-х годов ХХ в. в период перехода России на рыночную экономику. Их образованию предшествовал Закон РСФСР от 10.10.1991 «Об основах бюджетного устройства и бюджетного процесса в РСФСР». Согласно ст. 14 этого Закона решениями Верховного Совета РСФСР, Верховных Советов республик в составе РСФСР, а также местных Советов народных депутатов в рамках законодательства могли образовываться целевые внебюджетные фонды, в том числе совместные с Союзом ССР, с суверенными республиками СССР, республиками в составе РСФСР или местными органами, обладающие правом самостоятельного юридического лица и независимые от бюджетов соответствующих органов власти. Начиная с 1991 г. в России было создано немало внебюджетных фондов: внебюджетные государственные экологические фонды101; Российский космический фонд102; Государственный фонд занятости населения103, фонды охраны труда104 и другие.
Современное законодательство предусматривает следующие государственные внебюджетные фонды: Пенсионный фонд РФ, Фонд социального страхования РФ, Федеральный фонд обязательного медицинского страхования. На региональном уровне созданы территориальные государственные фонды обязательного медицинского страхования.
Государственные внебюджетные фонды наделены самостоятельными бюджетами. Эти бюджеты являются составной частью бюджетной системы государства, исходя из действующего бюджетного законодательства – ст. 10 Бюджетного кодекса РФ. Однако существует мнение о нецелесообразности включения государственных внебюджетных фондов в структуру бюджетной системы105. Будучи элементом структуры бюджетной системы, бюджеты внебюджетных фондов представляют собой бюджетные фонды, отделенные от бюджетов бюджетной системы государства. Бюджеты внебюджетных фондов образованы вне бюджетов как основных финансовых фондов публично-правовых образований, не входят в их состав. В то же время следует констатировать, что внебюджетные фонды не всецело независимы от бюджетов бюджетной системы. В бюджеты внебюджетных фондов могут привлекаться денежные средства из бюджетов бюджетной системы. В бюджет Пенсионного фонда РФ, Фонда социального страхования РФ, Федерального фонда обязательного медицинского страхования поступают межбюджетные трансферты из федерального бюджета (ст. 146 БК РФ)106.