Подзаконные нормативные правовые акты (постановления, приказы, инструкции) формально, в силу ст. 1 УПК РФ, не могут быть источниками уголовно-процессуального права, а значит, и регулировать процессуальную деятельность уголовного суда, но некоторые из них касаются организации судебной работы, дополняют предписания процессуального закона, разъясняют и конкретизируют условия и порядок реализации судом отдельных полномочий, поэтому активно применяются судами при осуществлении уголовного правосудия в той части, в которой не противоречат УПК РФ. В качестве примера можно привести Положение о возмещении процессуальных издержек, связанных с производством по уголовному делу, издержек в связи с рассмотрением гражданского дела, а также расходов в связи с выполнением требований Конституционного Суда Российской Федерации, утвержденное постановлением Правительства РФ от 1 декабря 2012 г. № 1240>9 (в ред. постановления от 23 декабря 2014 г. № 1462). Суды постоянно руководствуются нормативными правилами, содержащимися в этом правовом акте, при исчислении и компенсации потерпевшим, свидетелям и другим участникам судопроизводства расходов, связанных с участием в производстве по уголовным делам, при вынесении решений об оплате труда адвокатов, осуществляющих защиту по уголовным делам по назначению, а также для определения размеров процессуальных издержек, подлежащих взысканию с осужденных в порядке ст. 132 УПК РФ. Другое постановление Правительства РФ от 14 января 2011 г. № 3 «О медицинском освидетельствовании подозреваемых или обвиняемых в совершении преступлений»>10 (в ред. постановления от 4 сентября 2012 г. № 882) принято в развитие положений ч. 1.1 ст. 110 УПК РФ, предусматривающей обязательное изменение меры пресечения в виде заключения под стражу лицу, у которого выявлено тяжелое заболевание, препятствующее его содержанию под стражей. Указанным постановлением утверждены необходимые для применения данной процессуальной нормы Правила медицинского освидетельствования подозреваемых или обвиняемых в совершении преступлений, перечень тяжелых заболеваний, препятствующих содержанию под стражей, и форма медицинского заключения о наличии (отсутствии) такого заболевания.
В повседневной работе, связанной с производством по уголовным делам, работники судов также пользуются ведомственными инструкциями по ведению судебного делопроизводства, существующими в отдельности для каждого звена системы судов общей юрисдикции. Например, для районных (городских) судов действует Инструкция по судебному делопроизводству в районных судах, утвержденная приказом Судебного департамента при Верховном Суде РФ от 29 апреля 2003 г. № 36 (в ред. от 9 апреля 2015). Данный нормативно-правовой акт устанавливает порядок осуществления учетной, регистрационной, подготовительной и иной организационной деятельности, тесно связанной с деятельностью суда по рассмотрению и разрешению уголовных дел и иных судебных материалов, направленной на создание необходимых условий для надлежащего осуществления уголовного правосудия и обеспечивающей также контроль движения дел, своевременного и качественного их оформления. Многие правовые предписания, содержащиеся в УПК РФ, воспроизводятся в подобных инструкциях.