К третьей инстанции относятся суды, рассматривающие дело по жалобам и представлениям на вступившие в законную силу приговоры, определения и постановления судов. Российское уголовное судопроизводство предусматривает два автономных порядка пересмотра вступивших в законную силу решений суда: кассационный и надзорный, которые строго последовательны (надзорный сменяет кассационный) и имеют процедурные отличия, что позволяет третью инстанцию разбить на две относительно самостоятельные инстанции: суд кассационной инстанции и суд надзорной инстанции (п. 14 и 16 ст. 5 УПК РФ). Полномочиями суда кассационной инстанции наделены президиумы областных и приравненных к ним судов, президиумы военных окружных (флотских) судов, Судебная коллегия по уголовным делам и Судебная коллегия по делам военнослужащих Верховного Суда РФ. Надзорную инстанцию представляет исключительно Президиум ВС РФ.
Об особенностях процессуальной деятельности судов различных инстанций и о различиях в их полномочиях речь пойдет в главе 10 учебного пособия, однако следует сразу обратить внимание на то, что полномочия уголовного суда в процессе распределяются именно между судебными инстанциями, а не между судебными органами, относящимися к различным звеньям системы судов общей юрисдикции. Данная особенность присуща не только уголовному процессу, но и свойственна также гражданскому и административному судопроизводству и является общей для системы правосудия. В то же время примечательно, что судебные инстанции организованы и построены в соответствии с системой судов общей юрисдикции, они как бы «накладываются» на ее структуру, проникают на все ее уровни и, воспринимая логику связей между различными звеньями судебной системы, выстраиваются в конечном итоге с учетом существующей «судебной иерархии». Благодаря этому распределение в уголовном процессе компетенции между отдельными судебными органами таково, что предопределяет движение любого дела в направлении от предыдущей инстанции к последующей и одновременно обеспечивает переход дела от нижестоящего суда к вышестоящему, что исключает попадание дела хотя и в последующую инстанцию, но относящуюся к нижестоящему суду (например, дело, рассмотренное областным судом по первой инстанции, ни при каких условиях не может перейти в апелляционную инстанцию районного суда).