Вышеуказанные обстоятельства, определяющие ценность сознания обвиняемого, привели к тому, что вымогательство признаний стало центром судебной процедуры. Сознания добивались посредством допросов, «составлявших особого рода тонкое искусство, состоявшее, по большей части, в умении расставлять сети обвиняемым, ставить их в тупик и в противоречия с самим собой». Другим весьма действенным приемом добиться сознания была медленная пытка бесконечными отсрочками разбора дела. Арестованный, который отказывался признаваться или признания которого казались неполными, отсылался в свою камеру «для размышлений» в уединении и в темноте. После многих недель или месяцев наступал наконец день, когда заключенный просил выслушать его снова; если ответы были опять неудовлетворительными, его снова запирали, и он мог, таким образом, целые годы и даже десятки лет терпеть предварительное заключение. Если только смерть не освобождала его, он почти всегда сознавался. В тех случаях, когда хотели ускорить получение результата, положение узника ухудшали настолько, что оно становилось невыносимым. Прекрасным средством добиться признания считалось содержание узника на цепи, полумертвого от голода, в яме без воздуха.
С 1252 г. в судах Инквизиции для раскрытия ереси было разрешено применять пытку. В 1256 г. право подвергать пленника пытке было предоставлено непосредственно самому инквизитору (до этого лица духовного звания не могли присутствовать при пытке и принимать в ней участие). Инквизицией был принят определенный порядок применения пытки, который, как правило, не исполнялся. По правилу пытка могла применяться только один раз, но в случае необходимости повторения пытки принималось решение о ее продолжении (а не о повторении). Всякое признание, добытое в застенке, потом должно было быть подтверждено. Обыкновенно пытка применялась до тех пор, пока обвиняемый не выражал желания сознаться; тогда его развязывали и вносили в соседнюю залу, где выслушивали его признания либо подтверждение признаний, сделанных в комнате пыток. Признание записывалось в протокол с отметкой, что оно сделано добровольно, без угроз и принуждения. Если обвиняемый отрекался от своего признания, то его можно было снова подвергнуть пытке (продолжить пытку) с целью «отречься от своего отречения», за исключением случаев, когда решали, что он уже был «достаточно» подвергнут пытке. Отречение от признаний рассматривалось в качестве клятвопреступления, свидетельствующего о том, что обвиняемый – нераскаявшийся еретик, которого следует выдать светским властям.