Программа архе исторически реализовалась в двух вариантах: субстратном и субстанциальном. Первый сводился к отождествлению основоположного с конкретной природной стихией («вода», «воздух», «огонь» и т. п.); второй в трактовке начального исключал предметную привязку: основа рассматривалась фактурно неспецифицированным сущностным (апейрон, гомеомерии, бог). Концептуальное преимущество второго толкования – универсальность, абстрактность, избегающая искусственных, вычурных схем сведения и выведения реального мира из отдельных его компонентов. Последнее вслед за Анаксимандром, вероятно, уже четко осознавал Ксенофан, предложивший пантеистическую картину действительности.
В постантичную эпоху субстанциальный подход, окончательно вытеснив субстратный, утвердился в философии в качестве всеобщего. Средневековье, Новое время породили многочисленные редакции онтологии, не выходившие за рамки ее прочтения как компендия данных о свойствах бытия, атрибутах мироздания. Кульминация линии (через Декарта и картезианцев, Лейбница и лейбницеанцев) – натурфилософия Вольфа и его эпигонов (вплоть до Рихтера, Эшенмайера, Кильмейера), выявлявших скрытые качества, тайные силы вещей.
Позитивная роль философской онтологии (натурфилософии) в истории определялась самим ее назначением: стремлением теоретизировать по поводу фактов на эмпирической стадии науки, когда наука (ввиду неразвитости) не могла справляться с этой задачей.
Подмена натурфилософией теоретического знания, однако к рубежу XIX столетия, выглядя полным анахронизмом, приняла весьма одиозную форму противопоставления опытного и сверхопытного исследования. В четком, императивном плане альтернативу «научная эмпирия – натурфилософская теория» сформулировал Шеллинг, утвердивший: «Да будет вражда между философией и наукой». Набирающий силу, день ото дня крепнущий положительный опыт, однако нещадно разоблачал беспредметность, иллюзорность, несообразность, предвзятость фантастических натурфилософских конструкций. Общий дух неприятия естественнонаучной интеллигенцией натурфилософских претензий на подмену науки выразил Берцелиус, который, отмечая профессиональную некомпетентность натурфилософов, рекомендовал: «Современным натурфилософам следовало бы в собственных интересах касаться лишь вопросов, стоящих вне контроля естествоиспытателей».