Преемник митрополита Петра святитель Феогност добился канонизации святителя и продолжил каменное строительство в Кремле. В 1342 году он совершил поездку в Орду, где отказался подчиниться приказу хана Джанибека собирать дань с церквей, за что был подвернут жестоким пыткам. Митрополит стойко претерпел все муки и пытки, но брать дань категорически отказался, ссылаясь на слова апостола Павла. «Если кто оскорбит Церковь Божию, того оскорбит Бог». И тогда пораженный хан отпустил святителя на Русь, подтвердив все права и льготы Православной церкви. Скончался святитель Феогност в 1353 году и был погребен в алтаре Успенского собора близ чудотворного гроба митрополита Петра.
В 1475–1479 гг. по указанию великого князя Ивана III на месте обветшавшего Успенского собора времен Ивана Калиты был возведен новый каменный собор Успения Пресвятой Богородицы, куда были перенесены останки первых московских святителей.
Легенды и мифы
По преданию, когда нетленные мощи митрополита Петра переносили в новый собор, он приподнялся во гробе и благословил москвичей. Во время похорон у гроба святого трое неизлечимо больных получили чудесное исцеление. Вскоре его гробница стала одной из московских святынь, дающих чудесное исцеление, а Москва, как и было предсказано, обрела статус первопрестольного города и духовного центра всей земли Русской.
Согласно другому преданию, один глухонемой юноша, услышав во сне ангельский голос: «Иди завтра в соборную церковь Пречистой Богородицы, в честь славного Ее Успения», пошел туда и стал прикладываться к гробам святых митрополитов. Когда он приложился к гробу святителя Феогноста, внезапно стал говорить и слышать. Он рассказал, что видел, как святитель встал из гроба, благословил его язык, после чего к нему вернулась речь.
С тех пор Успенский собор служил усыпальницей Предстоятелей Русской Церкви – митрополитов, а с конца XVI века – патриархов. Последнее захоронение состоялось в 1700 году, когда умер Адриан, последний Патриарх Московский и Всея Руси. Таким образом, в соборе погребены все патриархи московские (т. е. до учреждения Святейшего Синода), кроме опального Никона, так как он был лишен сана и похоронен в Новом Иерусалиме под Москвой. Мощи святого митрополита Алексия также лежат не здесь: сначала они находились в основанном им Чудовом монастыре, а сейчас в Богоявленском соборе в Елохове.