Методологическую основу исследования представляют принципы системности, объективности и историзма, которые обеспечили научный подход к освещению проблем становления института государственной защиты в своем последовательном развитии. При решении конкретных задач использовались методы познания, присущие историко-правовой науке: сравнительно-правовой, историко-сравнительный, системно-структурный, диалектический, логический, формально-юридический и аналитический, представляющие возможность не только рассмотреть отдельные вопросы функционирования института государственной защиты и его эволюции, но и раскрыть сложные взаимосвязи и элементы преемственности развития нормативно-правового обеспечения в рассматриваемой области.
Теоретическую базу исследования составили труды отечественных авторов, специальная юридическая литература как теоретического, так и историко-правового характера. В основу работы легли идеи классиков российской юриспруденции: С.С. Алексеева, И.Д. Беляева, Н.М. Коркунова, Д.И. Мейера, Л.И. Петражицкого, М.М. Сперанского, Г.Ф. Шершеневича, и др. В процессе исследования использовались теоретико-правовые и историко-правовые концепции советских и современных исследователей: И.А. Исаева, С.А. Комарова, В.М. Курицына, В.П. Лаврова, В.П. Малахова, А.Я. Малыгина, Н.В. Михайловой, Р.С. Мулукаева, В.В. Оксамытного, и др.
Монографическое исследование проведено на основе изучения различных источников. В первую очередь это нормативная база, к которой относятся опубликованные акты Российской Империи, содержащиеся в Полном собрании законов Российской Империи и Своде законов Российской Империи, законодательство Советского государства, федеральные законы, международные правовые акты, правовые акты зарубежных государств, подзаконные акты Правительства Российской Федерации, ведомственные нормативные акты. Кроме того источниковой базой исследования стали архивные документы, в том числе материалы Департамента по борьбе с организованной преступностью и терроризмом МВД России, Управления по обеспечению безопасности лиц, подлежащих государственной защите, МВД России. Материалом для проведения исследования были был доклады и выступления отечественных и зарубежных практических работников – специалистов в области обеспечения безопасности лиц, подлежащих государственной защите, в том числе В.П. Игнатова, Ю.П. Стародубова, О.В. Зимина, К. Бауэра, В. Джоба, Г. Ихаза.